عقب قرار رئيس الجمهورية "محمد مرسي" المعزول، باختيار الفريق أول عبدالفتاح السيسي ، وزيراً للدفاع خرج موقع حزب الحرية والعدالة ليصف الفريق ب "وزير دفاع بنكهة الثورة". حيث كتب الموقع عقب تعيينه من قبل "المعزول": الفريق عبدالفتاح السيسي رئيس المخابرات الحربية والاستطلاع الذي حلف اليمين أمام الرئيس محمد مرسي كوزير للدفاع خلفاً لحسين طنطاوي، يعد أصغر أعضاء المجلس العسكري سناً، كما أن له مواقف تختلف عن باقي أعضاء المجلس الذي ظل ممسكاً بزمام السلطة في البلاد منذ 11 فبراير 2011 وحتى الآن.
فكانت له تصريحاته التي هاجم فيها التعامل العنيف للأمن مع المتظاهرين بُعيد الثورة المصرية المجيدة، فقد صرح من قبل أن هناك حاجة ماسة لتغيير ثقافة قوات الأمن في تعاملها مع المواطنين وحماية المعتقلين من التعرض للإساءة أو التعذيب.
السيسي هو أول من اعترف فعليًا بإجراء كشوف العذرية، في حواره مع أمين منظمة العفو الدولية؛ بحجة حماية الجيش من مزاعم الاغتصاب التي قد تلحق بالجنود بعد الإفراج عن المحتجزات.
كما أنه أول من أعلن صراحة الحاجة إلى تغيير ثقافة قوات الأمن، وأعطى تأكيدات بأن هناك تعليمات بعدم استخدام العنف ضد المتظاهرين وحماية المعتقلين من التعرض للمعاملة السيئة، وأكد على أن الجيش لا ينوي اعتقال النساء مرة أخرى.
وعقب عزل السيسي ل"مرسي" تنفيذاً لمطالب المصريين ، خرج علينا أعضاء جماعة الإخوان المسلمين ،وحزب الحرية والعدالة ليتهموا السيسي بأنه من بقايا نظام مبارك ، وشارك فى موقعة الجمل ، حتى ان الدكتور محمد البلتاجي قد اتهم السيسي بأنه كان على علم بالموقعة ، وجاء له إلى ميدان التحرير ليحذره ، فيما دعى المرشد العام لجماعة الإخوان المسلمين إلى اغتيال رأس الأفعي فى اشارة الى الفريق السيسي.