نفت وزارة الأوقاف ماررده البعض عن طلبها للأئمة عدم التعامل مع الكنيسة الإنجيلية ، مشيرة إلى أن علاقتها الطيبة بالكنيسة الإنجيلية وجميع الكنائس المصرية، وأنه لا خصومة أو خلافات لها مع أى منها، بل هناك تعاون كامل وتنسيق مستمر من أجل تفعيل الخطاب الديني الإسلامي المسيحي لخدمة قضايا الوطن وتحقيق التقارب والتعايش الإيجابي بين الجميع. وأشارت الوزارة خلال بيان لها أن الوزارة لن تمانع فى مشاركة دعاتها فى أية أنشطة أو برامج على أن يكون ذلك من خلالها.
من جانبه أوضح الدكتور سلامة عبد القوي، المتحدث الرسمي باسم وزارة الأوقاف، أن المنشور الذى أرسلته الوزارة إلى مديريات الأوقاف تم تفسيره بصورة خاطئة ليبدو وكأن هناك أزمة بين الوزارة والكنيسة الإنجيلية ، والحقيقة لا تزيد على أن الوزارة لاحظت فى الفترة الأخيرة من خلال تكرار شكاوى مديري المديريات بالمحافظات، أن بعض الدعاة التابعين لهم يشاركون فى فاعليات وأنشطة تتبع الكنيسة الإنجيلية دون علمهم، فرؤى التنبيه عليهم بعدم تكرار ذلك، حتى تكون الوزارة والمديرية التابع لها الإمام على علم بتحركاته.