أمرت نيابة قصر النيل باستدعاء الأطباء المعالجين للناشط السياسي محمد الشافعي، بمستشفى الهلال، وطلبت من المعمل الجنائي سرعة فحص، وتحديد نوع السلاح المستخدم في الحادث، والمسافة التي أطلق منها الرصاص على المجني عليه، واستعجال تقرير الطيب الشرعي، والصفة التشريحية للقتيل، وتحديد سبب الوفاة وتقرير عينة تحليل البصمة الوراثية "DNA".
وقد باشرت النيابة، التحقيقات بالإستماع إلى سائق سيارة الإسعاف، والمسعف الذين قاما بنقل الناشط السياسي محمد الشافعي، إلى مستشفى الهلال عقب إصابته بطلقات نارية أعلى كوبري قصر النيل.
وتبين من تحقيقات النيابة، أن المجني عليه من مصابي ثورة يناير، وفي يوم الحادث وأثناء تواجد المجني عليه بمنزله بمنطقة السيدة زينب سمع أصوات هتافات لمتظاهرين متوجهين في مسيرة من السيدة زينب إلى ميدان التحرير، فقرر المشاركة فيها، وبعدها لم يعد إلى منزله.
كما تبين أن المجني عليه توفي يوم 30 يناير الماضي عقب دخوله المستشفى مصابًا برش خرطوش بالرأس، بنفس طريقة مقتل الناشط محمد صلاح جابر، الشهير ب"جيكا"، وأن المجني عليه لم يكن بحوزته أي أوراق تكشف هويته، وبعدها تم نقله إلى مشرحة زينهم، كما تبين من مناظرة الجثة وجود رش خرطوش بالرأس تسبب في نزيف أدى إلى الوفاة.