قالت صحيفة لوس أنجلوس تايمز الأمريكية إن الرابح الوحيد من قضية المنظمات هو "المجلس العسكري" الذي استخدم القضية لإنماء الروح الوطنية لدى المصريين لتخفيف الانتقادات الموجهة للجيش في إدارته للمرحلة الانتقالية، واتهامه بانتهاك حقوق الإنسان. فيما وصفت الصحيفة القضية التي استمرت شهوراً ب"الاختبار" لإدارة أوباما، وقالت إن الاتهامات الموجهة للأمريكيين في منطقة عصفتها الانتفاضات والثورات، أظهرت تغيراً في ميزان القوة التقليدي، وفشل واشنطن في احتوائه. وأضافت أنه على الرغم من سيطرة المشاعر "الفاترة" على الطرفين المصري والأمريكي، إلا أن الطرفين ظهرا قلقين من احتمالية قطع العلاقات بين البلدين على خلفية قضية المنظمات، الأمر الذي سيغير ديناميكية الشرق الأوسط على حد قول الصحيفة. وذكرت "لوس أنجلوس تايمز" أن قرار السلطات المصرية برفع حظر السفر على المواطنين الأمريكيين حال دون تصاعد التوتر بين البلدين الحليفين أكثر من ذلك، وسبق أن حذرت واشنطن بقطع المعونة العسكرية عن مصر، في الوقت الذي هدد فيه عدد من أعضاء مجلس الشعب المصري بإلغاء اتفاقية كامب ديفيد. وحول قرار تنحي القضاة الثلاثة المعينين لنظر القضية الثلاثاء الماضي، قال محمود عبد الرازق أستاذ القانون بجامعة الزقازيق للصحيفة "العلاقات المصرية مع الولاياتالمتحدة مُعلقة في ميزان دقيق في هذه المحاكمة، لايوجد قاضٍ يريد أن يكون الرجل الذي يصدر حكماً من الممكن أن يعرض مثل هذه العلاقات للخطر، أي حكم ممكن أن يكون له آثار تاريخية على الدولة كلها." ونقلت الصحيفة عن وزيرة الخارجية الأمريكية هيلاري كلينتون قولها "ما زاد القضية صعوبة هو أننا لم نجد حكومة نتكلم معها، فالوضع في مصر غير واضح، وكذلك مواقف القوى السياسية".