سنوات طويلة قضاها المهندس القبطي في غيابات السجن بسبب خطأ في التصميم قام بها وتعثر فيه أحمد بن طولون حاكم مصر، لكن بعد سنوات أراد الله أن يفك كرب هذه الشخص، وهذه المرة على يد من سجنه دون أن يعرف من هو. عندما بدأ ابن طولون بناء مسجده الشهير وأحد أهم المساجد في العالم الذي يحمل اسمه، سنة 876 ميلاديًا، وأتمّه بحلول 879 ميلاديًا، بحث عن مهندس يشيد له المسجد على مستوى يجعل عصره متميزًا بالعمارة وهو ما حدث بالفعل. ويذكر المقريزي في كتابه «المواعظ والاعتبار في ذكر الخطب والآثار»، الجزء الثاني، إنه في يوم الجمعة شكا أهل مصر إلى ابن طولون ضيق المسجد الجامع يوم الجمعة، بجنده وسودانه، فأمر ببناء المسجد الجامع ، وعندما أراد ابن طولون بناء المسجد، جاء مهندس قبطي، «النابغة» في عصره يدعى سعيد بن كاتب الفرغاني. يقول المقريزي، إن الذي تولى أحمد بن طولون بناء هذه العين رجل نصرانى حسن الهندسة، حاذق بها، وإنه دخل إلى أحمد بن طولون في عشية من العشايا فقال له إذا فرغت مما تحتاج إليه فأعلمني لنركب إليها فنراها. فقال يركب الأمير إليها في غد فقد فرغت، فتقدم النصرانى فرأى موضعًا يحتاج إلى قصرية جير وأربع طوبات، فبادر إلى عمل ذلك. إلا أنه كما يقول الكاتب جرجس بشرى، لسوء الحظ بينما كان ابن طولون يتفرج عليها تعثر حصانه بكومة تراب أهمل العمال فى نقلها، فغضب على الفرغانى وألقاه فى السجن، فأمر بشق ثيابه وجلده خمسمائة سوط، وكان المسكين يتوقع بدلًا من ذلك جائزة من الدنانير. ويضيف: «بعد ذلك فكر ابن طولون في بناء جامع يكون أعظم ما بُنِي من المساجد في مصر، ويقيمه على ثلاثمائة عمود من الرخام، فقيل له إنه لن يجد مثل ذلك العدد إلا إذا مضى إلى الكنائس في الأرياف والضياع الخراب ويحملها من هناك، وبلغ الأمر للفرغاني وهو في السجن، فكتب لابن طولون يقول له إنه يستطيع أن يبنيه بلا أعمدة إلا عمودي القبلة، وصوّره له على الجلود فأعجبه واستحسنه وأطلق سراحه وأطلق له النفقة حتى يقوم بالبناء، وبعد الانتهاء أمَّنه ابن طولون على نفسه وأمر له بجائزة عشرة آلاف دينار. ليس ذلك فقط بل يذكر المقريزي إنه هو الذي صمّم مقياس النيل بالروضة.
