أكدت لجنة تقصى حقائق 30 يونيو على حرق 52 كنيسة ومنشأة كنسية كليا وجزئيا ،خلال احداث مابعد 30 يونيو والاعتداء على 12 كنيسة ومنشأة أخرى وسلب و نهب محتوياتها ، بالإضافة إلى وقوع حالات من الخطف والاختفاء القسري معظمها بغرض الحصول على فدية. واكدت اللجنة فى تقريرها ان وزارة الداخلية أكدت أن حالات الغياب والاختطاف تزايدت بعد ثورة 25 يناير 2011 في مختلف المحافظات، وإجمالي الحالات الخاصة بالمسيحيين 140 حالة غياب وخطف، عاد منهم 96 حالة، وبلغت حالات الإعتداء على ممتلكات المسيحيين (402) حالة موزعة على المحافظات المختلفة ، وأشدها يقع في محافظة المنيا(281 حالة ) ، ووثقت اللجنة( 29)حالة قتل في سياق العنف الطائفي . و أضاف التقرير" إن خطورة هذه الجرائم لاتكمن في حجم ما طالته من ضحايا وما خربته من ممتلكات فحسب، ولكن تكمن أيضاً في مستهدفاتها وهي إشعال الفتنة الطائفية، وتقويض الوحدة الوطنية والسلام الاجتماعي، كما تكمن الخطورة في نمط إرتكاب هذه الجرائم الذي بلغ حد التمثيل بالجثث، ومن ثم كانت هناك ضرورة ملحة لنبذ خطاب التحريض والكراهية والتأكيد على المواطنة ومنع التمييز. و اوصت اللجنة بضرورة الاسراع إصدار تشريع لبناء الكنائس امتثالا لدستور 2014 الالتزام بتطبيق مبدأ تكافؤ الفرص، ومنع التمييز بكل أشكاله وتطوير منظومة الوعي التي تشمل الإعلام و التعليم و الثقافة العامة فضلاً عن الخطاب الديني وذلك لنبذ خطاب الكراهية والتعصب إعادة النظر في نظام المجالس العرفية الحالية التي لا تخل فقط بسيادة القانون وسلطة القضاء وحظر أي قرار ينطوي على عقاب جماعي و التصدي للحيل القانونية بالتحول الصوري عن الديانة. وناشد التقرير القضاء بسرعة البت في القضايا الطائفية ، ومطالبة الجهات الأمنية بمواجهة زيادة حالات الخطف في بعض المراكز طلباً للفدية.