تشهد هذه الفترة ازدهارا في علاقات مصر الدولية , لكن صفو هذه الفترة، بدأ يعكره موقف الرئيس التركي رجب طيب أردوغان، حين قال إن بلاده تقف ضد ما أسماه الانقلاب العسكري في مصر، متسائلاً: "لماذا يصمت العالم على من انقلب على الديمقراطية في مصر؟". والذي زاد الأمر سوءا خلال إلقائه كلمته بالأممالمتحدة، هو تعبيره عن رفض وجود السيسي، بين قادة العالم المجتمعين في نيويورك لحضور أعمال الدورة 69 للجمعية العامة للأمم المتحدة، معلنا أن مجرد حضوره (في إشارة إلى السيسي) في الجمعية العامة، هو قبول لعدم الشرعية وديمقراطية الشعوب من قبل الأممالمتحدة". تقول كريمة الحفناوي، أمين عام الحزب الاشتراكي المصري، معلقة على ما حدث، إن الرد الوحيد هو توافر إرادة سياسية للمسئولين فى مصر، وعليهم قطع العلاقات مع تركيا لعدة أسباب وليس فقط لما قيل أمس من التطاول على الرئيس السيسي ومحاولة استثارة الرأي العام الدولي للوقوف ضد مصر وثورتها. وتابعت:"ومن الأسباب التي تجعلنا نتخذ تلك الخطوة هي أن تركيا تريد شرا لمصر وللدول العربية وتسعى إلي تفكيك وتقسيم الدول العربية على أساس الفتن الطائفية والدينية والعرقية". وأشارت إلى أن تركيا تدخل في تنفيذ المخطط الأمريكي الصهيوني المدعوم من بعض الدول الأوروبية, والتي تقوم تركيا فيه بتمويل الإرهابيين واحتضانهم بدءا من التنظيم الدولي للإخوان إلى الجماعات المتطرفة مثل داعش, فهي تقوم بتدريبهم، مما يضر بالأمن القومي المصري والأمن القومي العربي. لذا نقول، إن الرد المناسب من مصر من وجهة نظري هو قطع العلاقات المصرية التركية في كافة المجالات السياسية والاقتصادية وغيرها. وأضافت"ندائي للشعب المصري، هو مقاطعة البضائع الشعبية التركية ومقاطعتها على مستوى المهرجانات الفنية والثقافية". من جانبها قالت نورهان الشيخ -أستاذ العلوم السياسية بجامعة القاهرة- تعد هذه الفترة من أسوأ الفترات التي مرت على العلاقات المصرية التركية، نتيجة لمواقف الرئيس التركي التي لا تليق برئيس دولة. وتابعت من الواضح أن أردوغان كان لديه حلم كبير فى عودة الخلافة الإسلامية بقيادة تركيا كما كان في عصر الخلافة العثمانية وهو بذاته عبر عن ذلك ولذلك قام بدعم الإخوان وغيرهم من الجماعات الإرهابية , ولكن ثورة 30 يونيو كانت ضربة قاسمة لأحلامه، وبالتالي كان رد فعله جنونيا. ونوهت إلى ان الحل هو عدم الاهتمام لما يقول أو يفعل لأن مجرد الاهتمام بذلك هو يجعلنا نعطي قيمة لهذه السلوكيات التي لا تليق برئيس دولة. ولفتت إلى أن أردوغان آخر من يتحدث عن الديمقراطية، فهو امتداد للإخوان، فالحزب الذي ينتمي له يتبنى أفكار الإخوان بشكل كامل، بالإضافة إلى أن أردوغان سجن من قبل بسبب أفكاره المتطرفة.