طالبت منظمة هيومن رايتس ووتش، الحكومة المصرية الجديدة أن تمتنع تماماً وبحزم عن نمط الانتهاكات الجسيمة التي سادت منذ انتفاضة يناير 2011 وأن تتعهد باحترام الحق في حرية التعبير والتجمع السلمي، وتدعم حقوق جميع المصريين، وأن توقف الاعتقالات التعسفية بحق أعضاء الإخوان المسلمين وحزب الحرية والعدالة التابع للجماعة. وأفادت رايتس ووتش في بيان لها اليوم الجمعة، أن العودة إلى ممارسات الاعتقالات الجماعية والحبس لأسباب سياسية لقيادات الإخوان المسلمين على شاكلة ما شهده عصر مبارك، سيكون الأمر ذات التأثير الأسوأ على مستقبل مصر السياسي. وطالبت رايتس ووتش، الرئيس المؤقت والقيادة العسكرية أن يعملوا فوراً على إنهاء أعمال الانتقام بحق القيادات السياسية للإخوان المسلمين، بما في ذلك الاعتقالات وأوامر حظر السفر، وأن يسمحوا لحزب الحرية والعدالة بممارسة الحق في التنظيم بشكل كامل، كما يتعين على الحكومة الجديدة أن تعلن بوضوح وفوراً أنها وجميع مؤسسات الدولة بما فيها القوات المسلحة بأنها سوف تحترم كل الحقوق الأساسية المنطبقة في مصر في جميع الأوقات. وناشدت رايتس ووتش، جميع الأطراف السعي لتقليص معدلات العنف في الأيام القادمة، بموجب المعايير الدولية، فلا يمكن لقوات الأمن الاستعانة بالقوة المميتة بصفة قانونية، أثناء اضطلاعها بأعمالها الشرطية، إلا في حالات الضرورة القصوى من أجل حماية الأرواح، وبشكل متناسب مع الموقف ، كما يتعين على قوات الأمن اتخاذ خطوات مسئولة نحو حماية الحق في الحياة ونحو تأمين جميع الناس في مصر. وأشارت إلى انه أثناء حكم المجلس الأعلى للقوات المسلحة، حاكمت المحاكم العسكرية أكثر من 12 ألف مدني، أي أكثر من إجمالي عدد المدنيين الذين حاكمتهم المحاكم العسكرية على مدار 30 عاماً هي فترة حكم مبارك، وقاضت مدونين وآخرين بتهم "إهانة القوات المسلحة". ولقد تكرر استخدام المجلس الأعلى للقوات المسلحة آنذاك للقوة المفرطة في تفريق المظاهرات، رغم الاعتراف الرسمي بالحاجة إلى إعادة بناء الثقة الشعبية في الشرطة، ورغم ذلك لم يحدث إصلاح لقطاع الأمن. لم تكن هنالك تحقيقات متكاملة في أعمال التعذيب الممنهجة والمعاملة السيئة التي مارستها قوات الأمن المصرية في عهد مبارك أو من بعده. وقال جو ستورك، نائب المدير التنفيذي قسم الشرق الأوسط وشمال أفريقيا في هيومن رايتس ووتش: "عانى المصريون كثيراً تحت حكم الجنرالات ثم تحت حكم الرئيس محمد مرسي، وشهدت تلك الفترة السابقة إبعاد حقوق الإنسان إلى الهامش ، ومن الاختبارات الدالة على مدى عودة مصر إلى مسار التطور الديمقراطي هو هل سيتمكن حزب الحرية والعدالة من العمل والنشاط دون عمليات تنكيل سياسية بحق أعضائه".