نشرت هيومن رايتس ووتش تقريرا الخميس بعد يوم واحد من الإطاحة بالرئيس الدكتور محمد مرسى، اول رئيس مصر منتخب، يطالب بعدم اعتقاله وجماعة الإخوان المسلمين؛ التى ينتمى إليها الرئيس وحزبها الحرية والعدالة، ثم يتناول سجل حقوق الانسان الخاص بالرئيس المعزول. وقال التقرير إنه أثناء السنة التي قضاها مرسي رئيسا تمت ملاحقة العديد من الصحفيين والنشطاء السياسيين وغيرهم أمام القضاء بناء على اتهامات ب "إهانة" مسؤولين ومؤسسات و"نشر أخبار كاذبة" باستخدام أحكام قانون العقوبات القمعية التي تعود إلى عهد الرئيس السابق حسنى مبارك، وتجرم المعارضة والشقاق السياسي. وأوضح التقرير أن أغلب هذه القضايا أسفرت عن أحكام مع إيقاف التنفيذ بالسجن أو غرامات، لكن الملاحقة الجنائية لها أثر تخويف الصحفيين، خاصة الصحفيين الأقل شهرة، على حد قول هيومن رايتس ووتش. وفي أغسطس، تم تعديل قانون الصحافة من أجل إلغاء الحبس الاحتياطي للصحفيين، مما أشار إلى وعي مرسي بأن حبس الصحفيين لمجرد ممارستهم لحرية التعبير مشكلة، واستدرك التقرير " لكن تركت إدارته العديد من أحكام قانون العقوبات التي قد تسفر عن أحكام بالسجن بتهمة التشهير". وأشار التقرير إلى أن الرئيس المعزول لم يتحرك نحو توجيه حزبه - المسيطر على عملية التشريع - إلى إلغاء أحكام قانون العقوبات التي تنص على عقوبات جنائية ثقيلة بتهمة "إهانة" المسؤولين أو نشر "أخبار كاذبة"، لافتا إلى رفع مكتب الرئيس نفسه تسع قضايا جنائية ضد صحفيين بتهمة "إهانة الرئيس"، ثم قام بسحبها بعد حملة انتقادات موسعة. ونبه إلى قيام وزير العدل بتعيين قاضي تحقيق، استجوب 20 صحفياً وما لا يقل عن خمسة ساسة، منهم أعضاء في الإخوان المسلمين، بتهمة "إهانة القضاء" بعد أن انتقدوا علناً عدم استقلالية القضاء. وحول حرية الاعتقاد، قال التقرير أن ذلك أنعكس في وقائع متكررة من العنف الطائفي، بما في ذلك قتل أربعة رجال شيعة في 23 يونيو، معتبرا أن الرئيس مرسى أخفق في منح الأولوية لإعداد استراتيجية لحماية الأقليات الدينية ولم يتحدث ضد شهور من خطاب الكراهية ضد الشيعة. ولفت التقرير إلى نشوب خمس مرات على الأقل أحداث عنف بين المسلمين والمسيحيين أثناء حُكم مرسي، حققت النيابة في واقعة واحدة فقط، في دهشور جنوبي القاهرة، في يوليو، لكن التحقيق لم يسفر عن ملاحقات قضائية، ولم تتخذ السلطات أي خطوات نحو التحقيق في وقائع عنف طائفي جسيمة أثناء فترة الحكومة العسكرية السابقة ولا أثناء حكم مبارك. وشدد التقرير على تزايد الملاحقات القضائية بتهمة الازدراء، ضاربة المثل بمحمد عصفور الذى يمضى عاماً في السجن بعد أن حُكم عليه في يوليو بازدراء الأديان بسبب معتقداته الشيعية، كما أنه في سبتمبر حكمت محكمة في أسيوط على بيشوي كامل بالسجن ستة أعوام بتهمة "ازدراء الإسلام". وفي كلمته قبل احتجاجات 30 يونيو بأربعة أيام، أشار التقرير إلى ان مرسي قال إن جميع المدنيين الذين حكمت عليهم محاكم عسكرية قد أفرج عنهم، وأنهم نالوا العفو جميعاً، لكن في واقع الأمر، فإن هناك مدنيين حكمت عليهم محاكم عسكرية ما زالوا وراء القضبان، واستمرت المحاكمات العسكرية للمدنيين مع استمرار إحالات جديدة للقضاء العسكري في عهد مرسي، وفي انتكاسة ذات أثر بعيد المدى، أكد الدستور الذي دُشن في عهد مرسي على حقوق النظام القضائي العسكري في محاكمة المدنيين. ولفت التقرير إلى أنه في يوليو 2012 أنشأ مرسي لجنة لمراجعة قضايا المدنيين المحكوم عليهم أمام المحاكم العسكرية منذ بدء الانتفاضة، وفي أغسطس أوصت اللجنة بالإفراج عن 700 منهم بموجب قرار عفو رئاسي لكن لم تضغط فيما يخص إعادة محاكمة 1100 آخرين، بدعوى أسباب "أمنية"؛ من بين من بقوا وراء القضبان ويقضون أحكاماً بالحبس أصدرتها محاكم عسكرية، محمد إيهاب، الذي تم القبض عليه في 9 مارس/آذار 2011 وهو يبلغ من العمر 17 عاماً، رغم أنه كان طفلاً وقت القبض عليه، فلم ينل تدابير حماية إضافية وحكمت عليه محكمة عسكرية بالسجن 15 عاماً. واستشهد التقرير بتهديد "ظاهر" بمحاكمة الأفراد أمام المحاكم العسكرية، حيث قال مرسي في كلمته في 26 يونيو إن قانون الأحكام العسكرية ينطبق على أي شخص يهين الرئيس، الذي يعد أيضاً القائد الأعلى للقوات المسلحة، فى الوقت الذى تجاهلت كلمة الرئيس المعايير الدولية بعدم محاكمة المدنيين - بغض النظر عن الجريمة - أمام محاكم عسكرية، على حد قول هيومن رايتس ووتش. نبه التقرير إلى أنه في 20 يناير 2013 بدأت محكمة أمن دولة طوارئ في إعادة محاكمة 12 مسيحياً و8 مسلمين بتهمة المشاركة في مصادمات طائفية في أبو قرقاص في أبريل/نيسان 2011، حيث مات شخصين أثناء المصادمات وأصيب الكثيرين على الجانبين، وتم إحراق العديد من المتاجر والمنازل المملوكة لمسيحيين، وأسفرت محاكمة أولى في هذه القضية أمام محكمة أمن الدولة طوارئ في المنيا عن أحكام بالمؤبد على 12 مسيحياً وتبرئة المدعى عليهم المسلمين. اشار التقرير إلى أنه فى عهد مرسى لم يحدث إصلاح في قطاع الأمن، ولم تتقدم الرئاسة في عهد مرسي بأية خطط للتصدي للتعذيب الممنهج رهن الاحتجاز على حد قول هيومن رايتس ووتش، لافتة أنه في كلمته هذا الأسبوع، أشار الرئيس مرسي بشكل مبهم إلى التزام بتغيير الشرطة بحيث تصبح أكثر حياداً وتخدم الناس. ونوه التقرير إلى أن رد فعل مرسي على المصادمات العنيفة بين المعارضين ومؤيديه وأعضاء جماعة الإخوان المسلمين أمام أبواب القصر الرئاسي في ديسمبر أحادية الجانب ومنحازة بشكل مقلق، على حد قول هيومن رايتس ووتش، حيث أخفق في الإقرار بأدلة قوية للغاية بأن حلفائه السياسيين ومؤيديه شاركوا في أعمال العنف، وزعم أن المحتجزين أقروا بأنهم مذنبين، وقت أن كانت النيابة ما زالت تحقق معهم. فيما بعد أفرجت عنهم النيابة لنقص الأدلة. يهيمن حزب الحرية والعدالة القريب من مرسي على مجلس الشورى المصري. على مدار شهور ناقش مجلس الشورى قانون للتظاهر يعطي الشرطة سلطة واسعة في استخدام أساليب عنيفة في تفريق المظاهرات. وأشار التقرير إلى أن مجلس الشورى والرئاسة أعدّا مشروع لقانون الجمعيات لم يلتزم بالمعايير الدولية، حيث تقدمت الرئاسة بمشروع القانون في 29 مايو/أيار من شأنه تعزيز وإضفاء الطابع الرسمي على سيطرة الدولة على الجمعيات الأهلية من خلال تمكين الحكومة من رفض منح الجمعيات التمويل الداخلي والدولي، كما يعطي السلطات سلطة تقديرية كاملة في وقف أنشطة المنظمات المصرية والدولية، بما في ذلك منظمات حقوق الإنسان التي توثق أو تنتقد انتهاكات حقوق الإنسان من قبل الحكومة. وبموجب قانون النقابات المعمول به، يمكن أن يخضع المئات من النقابات المستقلة الجديدة وأعضائها للملاحقة القضائية بتهمة الانخراط في أنشطة نقابية مثل الإضراب عن العمل.