اتفق الدكتور سلامة عبدالقوى المتحدث الرسمي لوزارة الأوقاف، والمتحدث باسم حركة "أئمة بلا حقوق" المعارضة لسياسات الوزارة على أن إدارة المساجد في مصر تشهد أزمة كبيرة، وأن اللائحة الجديدة المقترحة التي تتضمن "انتخابات لمجالس إعمار المساجد"، سوف تساهم في تخفيف الأزمة بترك الأمر لرواد المساجد لاختيار من يدير شئون الخدمات بها. أضاف عبدالقوى خلال ندوة "انتخابات المساجد: استقلال أم صراع سياسي على المنابر"، والتي نظمها "منتدى الدين والحريات"، والذي تستضيفه "المبادرة المصرية للحقوق الشخصية" في الثلاثاء الثالث من كل شهر، وأن وزارة الأوقاف لا تمتلك القدرة على الإشراف الكامل على كل المساجد، لا ماليًّا ولا إداريًّا، ولا يوجد في مصر حصر كامل بالمساجد الموجودة، وأن الوضع الحالي به نسبة كبيرة من الفساد الذي تحاول الوزارة تداركه، مشيرًا إلى أن أمن الدولة كان له دور كبير قبل الثورة في إدارة المساجد بالاشتراك مع الوزارة، وقال إن كل مجالس إدارات المساجد الموجودة حاليا تشكلت بقرار من الوزارة، بعد تزكية الأمن الذي عطل تشكيل مجالس أخرى، وذكر أن هذه المجالس شاركت الأمن والوزارة في التضييق على الأئمة والدعاة غير الموالين للنظام. وأشار إلى أن جعل انتخابات مجالس إعمار المساجد اختيارية عند رغبة أهل المسجد، سيبعد الأمر عن سيطرة الوزارة وفي نفس الوقت سيختص المجلس بأنشطة خدمية لا تتدخل في عمل الإمام الدعوي. من جانبه قال الدكتور خلف مسعود المتحدث باسم "أئمة بلا حقوق": إن قيام وزارة الأوقاف بصياغة اللائحة المقترحة سوف يزيد من سطوة المجموعات المنظمة داخل المساجد لقدرتها على الحشد والفوز في الانتخابات، مما سيزيد من الصراعات بينها، وستساهم سيطرة هذه المجموعات على إدارة المسجد في تهميش أكبر لدور الإمام وتبعيته لها نظرًا لضعف أجره وكونه معيَّنًا بينما هم منتخبون، في حين قال عمرو عزت الباحث في "المبادرة المصرية للحقوق الشخصية" إن المركزية القانونية لوزارة الأوقاف في احتكار إدارة المساجد، هي أصل المشكلة التي لا ينادي أحد بالتعامل معها وهو ما لا تقوم بحله اللائحة الجديدة المقترحة. أوضح عزت، أن مركزية جهة ما في إدارة المجال الديني والمساجد هي الأزمة، سواء كانت الأوقاف أم الأزهر، مشيرًا إلى أن تكريس الأزهر كمرجعية يهدد استقلاله ويفتح الباب لصراعات داخل الأزهر أيضًا، مؤكدًا أن الحل هو فتح المجال الديني أمام التعدد، واعتبر أن استقلال الأزهر سيمكنه من أن يلعب دورًا كبيرًا ولكن ليس مركزيًّا ولا سلطويًّا، لافتا أن الإطار القانوني والإداري يعطي الأوقاف السيطرة الرسمية على كل المنابر، ويعاقب كل من يخطب أو يلقي درسًا دون تصريح من الأوقاف بموجب قانون 1996..