أكدت الجماعة الإسلامية أن هناك تدخلاً واضحاً في شؤون القضاء بعد قرار الإفراج عن المتهمين في قضية التمويل الأجنبي، بما يمس استقلاله وأنه تم الضغط علي القاضي محمود شكري لرفع الحظر عن سفر المتهمين، واستشعاره الحرج وتنحيه عن هذه القضية. وقالت إن المسئولين في مصر لم يدركوا بعد أن مصر قد تغيرت، وأن مصر ما قبل الثورة ليست مصر ما بعد الثورة، وأن هذا القرار الخاطئ الذي تم بصورة مريبة ينطوي علي عدة أمور خطيرة. وحذرت الجماعة الإسلامية، في بيان رسمي لها، من خطورة الإفراج عن المتهمين في قضية التمويل الأجنبي، مؤكدة أن الإفراج عنهم سبب الصدمة للشعب المصري، وأعاد إلي الأذهان سياسة النظام السابق في التعامل مع القضايا الخارجية، محملة المجلس العسكري مسئولية هذا القرار السيئ، ومحاسبة المسئولين أيا كان موقعهم عن هذه القرارات المؤسفة التي تشوه صورة الشعب المصري وثورته. وطالبت الجماعة بتنحية المستشار عبد المعز إبراهيم من عضوية اللجنة المشرفة علي انتخابات الرئاسة، وتنحيته أيضاً عن مهمة رئاسة محكمة استئناف القاهرة إذا ثبت تورطه في هذه المسألة، مؤكدة أن ما تم من الإفراج عن الأمريكان انتهاك السيادة المصرية عن طريق السماح بالتدخل الأمريكي الواضح في الشئون الداخلية المصرية علي أراضيها، مشددة علي أنها لا تقبل بعد الثورة ما تم من انتهاك للسيادة، وأنه ينبغي أن تقوم العلاقات الخارجية علي سياسة متوازنة، وعلي سياسة المعاملة بالمثل. وأوضحت الجماعة، أنه تم إهدار العدالة، حيث كان ينبغي تحقيق العدالة وإعمال القانون، والترسيخ لدولته، ثم بعد ذلك ينظر في مسألة تبادل المحكومين، طبقاً للقانون وقواعده، لا طبقاً لحسابات الإذعان، مؤكدة أن المواطنين المصريين ليسوا أقل شأن من المواطنين الأمريكيين، فعلي الرغم من وجود خمسين مصرياً في السجون الأمريكية علي رأسهم فضيلة الدكتور عمر عبد الرحمن، لم تطالب بهم مصر، بينما قام الأمريكان ببذل كل جهودهم الدبلوماسية وغير الدبلوماسية للإفراج عن مواطنيهم. كما طالبت بالشفافية مع الشعب المصري فإذا كانت هنالك صفقة ما، يجب أن تعرض علي الشعب المصري من خلال ممثليه، احتراماً للشعب المصري، وحفاظاً علي كرامته.