أصدر المهندس ابراهيم محلب، رئيس مجلس الوزراء، قراراً بشأن تنظيم الجامعة المصرية اليابانية للعلوم والتكنولوجيا، بحيث تعتبر الجامعة المصرية اليابانية مرفقاً تعليمياً عاماً ذي طبيعة خاصة لها الشخصية الاعتبارية المستقلة، ولا تهدف للربح، ومقرها مدينة برج العرب الجديدة بمحافظة الاسكندرية، ويجوز للجامعة أن تنشئ فروعاً أخري لها في أي من مدن الجمهورية بعد موافقة الوزير المختص، وطبقاً للاجراءات المقررة قانوناً. وتهدف الجامعة إلي تعزيز بناء قدرات الموارد البشرية وتنميتها في مجال العلوم والتكنولوجيا خاصة في جمهورية مصر العربية والدول العربية والافريقية، وتسهم في رفع مستوي التعليم والبحث العلمي والابتكار بما يحقق الربط بين أهدافها واحتياجات المجتمع والصناعة، وتوضع مناهج التعليم وخطط البحث والتدريب والادارة بالجامعة وفقاً لأحدث الممارسات بالجامعات ومراكز الابحاث اليابانية بقرار من مجلس الامناء. وتضم الجامعة كليات 'الهندسة، الادارة والاعمال التجارية الدولية والعلوم الانسانية، الدراسات اليابانية'، بالاضافة إلي معهد إعداد وتدريب القيادات والكوادر البشرية، ومراكز التميز العلمية في مجالات الطاقة، علوم المواد، النانوتكنولوجي، الاتصالات والمعلومات، التكنولوجيا الحيوية، ويجوز للجامعة إنشاء كليات ومراكز تميز ومعاهد أخري بقرار من رئيس مجلس الوزراء بعد موافقة مجلس الوزراء وبناء علي اقتراح مجلس الامناء، وبعد أخذ رأي الوزير المختص. وتمنح الجامعة درجات البكالوريوس، الليسانس، دبلومات التخصص، الماجستير والدكتوراه، ويشترط للحصول علي الدرجات العلمية والدبلومات أن يجتاز الطالب بنجاح الامتحانات المقررة في اللوائح الداخلية الخاصة لشئون التعليم والطلاب في كل كلية أو وحدة بحثية فضلاً عن ضرورة حصوله علي المتطلبات الاكاديمية المتطلبة لمنح الدرجة العلمية. وتدار الجامعة من خلال مجلس للامناء يصدر بتشكيله قرار من الوزير المختص لمدة أربع سنوات قابلة للتجديد، ويشكل المجلس من عدد من الشخصيات العامة من ذوي الخبرة العلمية والعملية، وممثلي قطاعات المجتمع والصناعة من المصريين واليابانيين، ولا يقل عدد أعضائه عن خمسة عشر عضواً ولا يزيد علي عشرين عضواً، ويختار الجانب الياباني ممثليه في مجلس الامناء، ويختار الوزير المختص بالتعليم العالي ممثلي الجانب المصري بالتشاور مع الوزارات الاخري المعنية ' البحث العلمي – الخارجية – التعاون الدولي – التخطيط- المالية'، ويعين مجلس الامناء رئيس الجامعة ونوابه.