أصدر المهندس إبراهيم محلب، رئيس مجلس الوزراء، قرارًا بشأن تنظيم الجامعة المصرية اليابانية للعلوم والتكنولوجيا، بحيث تعتبر الجامعة المصرية اليابانية مرفقًا تعليميًا عامًا ذا طبيعة خاصة. على أن تكون الجامعة لها الشخصية الاعتبارية المستقلة، ولا تهدف للربح، ومقرها مدينة برج العرب الجديدة بمحافظة الإسكندرية، ويجوز للجامعة أن تنشئ فروعًا أخرى لها في أي من مدن الجمهورية بعد موافقة الوزير المختص، وطبقًا للإجراءات المقررة قانونًا. وتهدف الجامعة إلى تعزيز بناء قدرات الموارد البشرية وتنميتها في مجال العلوم والتكنولوجيا خاصة في جمهورية مصر العربية والدول العربية والإفريقية، وتسهم في رفع مستوى التعليم والبحث العلمي والابتكار بما يحقق الربط بين أهدافها واحتياجات المجتمع والصناعة، وتوضع مناهج التعليم وخطط البحث والتدريب والإدارة بالجامعة وفقًا لأحدث الممارسات بالجامعات ومراكز الأبحاث اليابانية بقرار من مجلس الأمناء. وتضم الجامعة كليات (الهندسة، الإدارة والإعمال التجارية الدولية والعلوم الإنسانية، الدراسات اليابانية)، بالإضافة إلى معهد إعداد وتدريب القيادات والكوادر البشرية، ومراكز التميز العلمية في مجالات الطاقة، علوم المواد، النانوتكنولوجى، الاتصالات والمعلومات، التكنولوجيا الحيوية، ويجوز للجامعة إنشاء كليات ومراكز تميز ومعاهد أخرى بقرار من رئيس مجلس الوزراء بعد موافقة مجلس الوزراء وبناء على اقتراح مجلس الأمناء، وبعد أخذ رأى الوزير المختص. وتمنح الجامعة درجات البكالوريوس، الليسانس، دبلومات التخصص، الماجستير والدكتوراه، ويشترط للحصول على الدرجات العلمية والدبلومات أن يجتاز الطالب بنجاح الامتحانات المقررة في اللوائح الداخلية الخاصة لشئون التعليم والطلاب في كل كلية أو وحدة بحثية فضلاً عن ضرورة حصوله على المتطلبات الأكاديمية المتطلبة لمنح الدرجة العلمية. وتدار الجامعة من خلال مجلس للأمناء يصدر بتشكيله قرار من الوزير المختص لمدة أربع سنوات قابلة للتجديد، ويشكل المجلس من عدد من الشخصيات العامة من ذوي الخبرة العلمية والعملية، وممثلي قطاعات المجتمع والصناعة من المصريين واليابانيين، ولا يقل عدد أعضائه عن خمسة عشر عضوًا ولا يزيد على عشرين عضوًا، ويختار الجانب الياباني ممثليه في مجلس الأمناء، ويختار الوزير المختص بالتعليم العالي ممثلي الجانب المصري بالتشاور مع الوزارات الأخرى المعنية (البحث العلمي– الخارجية– التعاون الدولي– التخطيط- المالية)، ويعين مجلس الأمناء رئيس الجامعة ونوابه.