اتهمت الحكومة المصرية تنظيم جيش الإسلام الفلسطيني المتهم بالارتباط بتنظيم القاعدة بالوقوف وراء التفجير أمام كنيسة القديسين بالإسكندرية. وبينما نفي التنظيم الاتهام المصري وأكدت حماس أن الموساد وراء الحادث، عرضت الحكومة المقالة بغزة استعدادها للتعاون مع السلطات المصرية من أجل كشف ملابسات الحادث. وأدي التفجير الذي وقع ليلة الاحتفال برأس السنة الميلادية، إلي مصرع 23 شخصا وإصابة 97 آخرين. وقال وزير الداخلية حبيب العادلي إنه تأكد بالدليل القاطع تورط هذا التنظيم "الدنيء" بالتخطيط والتنفيذ لهذا العمل "الإرهابي الخسيس الذي راح ضحيته شهداء علي أرض مصر"، وذلك بعد أن ظن عناصر التنظيم المرتبط بتنظيم القاعدة، أنهم قد تخفوا وراء عناصر تم تجنيدها علي حد تعبير العادلي. من جهته نفي تنظيم جيش الإسلام، في بيان الاتهامات المصرية. واعتبرها تبريرا لاختراق الموساد الأمن المصري بعد اكتشاف بصمات تبرهن علي تورط الموساد. كما نقل عن الحكومة الفلسطينية المقالة في غزة استعدادها للتعاون مع السلطات المصرية من أجل الكشف عن ملابسات اتهام تنظيم جيش الإسلام الفلسطيني بالوقوف وراء تفجيرات كنيسة القديسين. وأكدت الحكومة الفلسطينية المقالة علي لسان المتحدث باسمها طاهر النونو إدانتها للحادث الإجرامي الذي وقع في كنيسة القديسين لتناقضه مع كل الشرائع السماوية بغض النظر عن الجهة التي تقف وراء الحادث. وأكد النونو أن العلاقة مع مصر ستبقي متينة، وسيظل الأمن القومي المصري والأمن القومي العربي في مجمله أحد أولويات حكومته. كما أكد العلاقة الطيبة مع المسيحيين عربا كانوا أو فلسطينيين، مشيراً إلي أن الحكومة لن تسمح بأي عمل يخل بهذه العلاقة. وشدد علي استعداد حكومته للتعاون مع مصر من أجل كشف الحقائق ومجريات التحقيق، كما شدد علي أن قطاع غزة خال من تنظيم القاعدة، وأن جميع التنظيمات الفلسطينية والحالات المقاومة توجه بنادقها إلي العدو الصهيوني فقط سعيًا لإنهاء الاحتلال المفروض علي الشعب الفلسطيني. من جهتها أكدت حركة المقاومة الإسلامية 'حماس' أنها علي يقين من أن "الموساد الصهيوني هو من يقف وراء هذه الجرائم وذلك لخلط الأوراق وهو من ثبت أنه يستهدف مصر وشعبها من خلال شبكة التجسس وغيرها من الجرائم". وأعربت الحركة عن قلقها لاتهامات مصر لتنظيم جيش الإسلام في غزة، مؤكدة أنها "تقود مقاومة ضد الاحتلال الصهيوني داخل فلسطين ولم ولن تسمح بنقل صراعنا مع أي طرف آخر خارج فلسطين". ودعت حماس الحكومة المصرية إلي التعاون مع حكومتها المقالة ل"فحص هذه المعلومات والتأكد من مدي صحتها". يذكر أن اسم "جيش الإسلام" الفلسطيني ظهر لأول مرة في 25 يونيو/حزيران 2006 عندما أعلن مشاركته في اختطاف الجندي الإسرائيلي جلعاد شاليط مع الجناح العسكري لحركة حماس، ولجان المقاومة الشعبية. ويقود التنظيم حاليا "ممتاز دغمش" الموجود في غزة ويعيش في منطقة صابرا. ويوالي جيش الإسلام تنظيم القاعدة، ويُعرّف نفسه بأنه "مجموعة من المجاهدين الذين تربّوا علي الإسلام، واتخذوا من كتاب الله وسنة نبيه نهجا لهم ونورًا لطريقهم وجهادهم المقتصر علي الداخل الفلسطيني، من أجل تطهير البلاد من بعض تجار الدم والأخلاق والرذيلة".