محمد الظواهرى قامت نيابة أمن الدولة العليا بتسليم ملف قضية التنظيم الارهابي المرتبط بتنظيم القاعدة والمتهم فيها محمد الظواهري و67 اخرون، الي محكمة استئناف القاهرة وذلك لتحديد جلسة عاجلة لمحاكمة المتهمين. وتم اعلان المتهمين بقرار الاتهام واحالتهم للمحاكمة الجنائية بمحبسهم بطرة. اعد قرار الاتهام المستشار تامر الفرجاني المحامي العام الاول لنيابة امن الدولة العليا وباشر التحقيق فريق من اعضاء النيابة يترأسهم محمد وجيه رئيس النيابة تحت اشراف المستشار خالد ضياء الدين المحامي العام بنيابة امن الدولة العليا. تعدت اوارق القضية الي اكثر من 3 الاف ورقة تحقيق يتخللها استجوابات المتهمين واعترافاتهم وتقرير فحص المضبوطات التي عثر عليها من الاسلحة والذخائر واجهزة اللاب توب ومعاينات النيابة العامة للمقارات التنظيمية وشهود الاثبات من قطاع الامن الوطني. جاءت اقوال شهود الاثبات من قطاع الامن الوطني معاودة المتهم الرئيسي في القضية محمد الظواهري القيادي بتنظيم الجهاد احياء نشاط التنظيم واعادة هيكلته والعمل علي ربطه بالتنظيمات الارهابية المتطرفة بالداخل والخارج..وتم عقد لقاءات مع بعض المتهمين لتلقي تدريبات عسكرية تتعلق بكيفية استخدام الاسلحة النارية واعداد العبوات المتفجرة. وكشفت الاوراق ان المتهم السادس اختص بتوفير الدعم المالي اللازم للتنظيم وتوفير الاماكن اللازمة للايواء ولعقد لقاءاتهم التنظيمية وكذا الدعم المادي المتمثل في توفير الاسلحة النارية والمواد المستخدمة في تصنيع المفرقعات وتمكن اعضاء التنظيم من تدبير كمية من الاسلحة والمواد المتفجرة وتخزينها تمهيدا لاستخدامها في ارتكاب العمليات العدائية المخطط لها وان المتهم الثامن نجح في توفير كمية من مادة « البرونز» المستخدمة في تحفيز المواد المتفجرة داخل العبوات الناسفة وتولي المتهم السابع قيادة خلية ضمت عناصر التنظيم ذوي الخبرة العسكرية المكتسبة من مشاركة بعض الجماعات المسلحة بدولة سوريا في عمليات عسكرية ضد الجيش النظامي. جاءت ملاحظات النيابة العامة بقيام المتهم السادس باستئجار مزرعة بناحية جمعية الهداية ببلبيس بمحافظة الشرقية خصصت لتدريب عناصر التنظيم علي استخدام الاسلحة النارية ولتصنيع العبوات الناسفة والتي انفجرت احداها في 25 اكتوبر2013 وعلي اثر ذلك الانفجار قام المتهم السابع والستون سيد محمد امام بايواء المتهمين 16 و24 بمسكنه بمدينة قها، كما اقر المتهم السابع عمر عبد الخالق بانه تولي تنفيذ اعمال عدائية ضد المنشآت العامة ورجال الشرطة والقوات المسلحة وابناء الديانة المسيحية وممتلكاتهم.واقر المتهم السادس عشر محمد فتحي عبد العزيز بانه اعد عبوات مفرقعة بمساعدة متهمين اخرين واستخدموها في تفخيخ احدي السيارات علم عقب ذلك بانها المستخدمة في استهداف موكب وزير الداخلية ومحاولة اغتياله. وبفحص مضبوطات المقر التنظيمي محل ضبط المتهمين 16، 24 عبارة عن حاسب آلي يحوي ملفات فيديو عن كتيبة النصرة التابعة لكتائب الفرقان حال تنفيذ عملية عدائية قبل سيارة تابعة للقوات المسلحة وقتل من فيها ومقطع منسوب لجماعة «انصار بيت المقدس « لتدمير مدرعة شرطة وتفجير مدرعة قوات مسلحة « وغزوة التأديب « المنسوبة لذات الجماعة ومقطع مصور لشخص يتحدث عن تصدير الغاز لاسرائيل شارحا مراحل تفجير خط الغاز، وحاسب الي اخر يحوي ملفات نصية بعناوين « قوائم باسماء وارقام هواتف ضباط امن الدولة في المحافظات وبيان السلفية في سيناء بخصوص الحملة العسكرية علي سيناء وبفحص حاسب الي المحمول حوي علي ملفات نصية عن بلاد الشام ارض الرباط وجهاد وحسم الي يوم القيامة ونصائح وتوجيهات عسكرية للمجاهدين في ارض الرافدين موسوعة الحرب النفسية. وثبت من اطلاع النيابة العامة علي مضبوطات المتهم السادس فوزي محمد السيد تضمنت محررا خطيا به عبارات بشأن تفجير كنائس واقتحام اقسام الشرطة والتخطيط لاقتحام قسم شرطة المنيا وقتل 50 ضابطا وجرح 60 اخرين واحتلال مبني المحافظة واقتحام مقر المخابرات.