أقامت أربع منظمات مدنية دعوي قضائية أمام مجلس الدولة مطالبين فيها بإصدار حكم بصفة مستعجلة بوقف تنفيذ قرار المجلس الأعلي للقوات المسلحة 348 لسنة 2012 الصادر بتكوين مجلس الدفاع الوطني. وأكدت الدعوي التي أقامها كل من مركز القاهرة لدراسات حقوق الإنسان ومركز النديم لتأهيل ضحايا العنف ومركز هشام مبارك للقانون والمبادرة المصرية لحقوق الإنسان أن تشكيل مجلس الدفاع الوطني أغلبه من العسكريين بنسبة عشرة الي سبعة وأن قراراته تتخذ برأي الأغلبية وأعطي لهذا المجلس سلطات واسعة تمس مبادئ وحقوقا دستورية مستقلة وحريات عامة مقررة. وتابعت: هذا القرار يدل علي طغيان السلطة العسكرية علي السلطة المدنية بهيمنتها الكاملة علي تشكيل المجلس، ويدل علي إهدار سيادة الدولة واحتكار القوي العسكرية لها بالمخالفة لنظم الحكم الديمقراطي الذي من المفترض أن تخضع كافة مؤسسات الدولة وسلطاتها وأجهزتها لمبادئ الديمقراطية ومبادئ القانون ومن المفترض قانونا أن تطغي السلطة المدنية علي السلطة العسكرية لأن الأخيرة هي إحدي مؤسسات الدولة ولايجوز لها أن تتوغل في مؤسسات الدولة. وانتهت الدعوي مؤكدة أن هذا القرار مخالف لأحكام المحكمة الادارية العليا بمجلس الدولة التي ترفض أي مساس او انتقاص للحقوق الدستورية المقررة للمواطنين كما أنها مخالفة لأحكام القضاء الإداري التي ترفض المساس أو الانتقاص من حريات المواطنين.