أعلنت منظمة هيومن رايتس ووتش أن الشرطة العسكرية قامت بالفعل بتعذيب المتظاهرين الذين تم القبض عليهم خلال أحداث وزارة الدفاع أوائل مايو. وأكدت المنظمة أنها أجرت لقاءات مع عدد كبير من الضحايا ممن أفرج عنهم والمحامين الذين قدموا شهادات متقاربة عن تعرضهم للتعذيب والضرب أثناء القبض عليهم واحتجازهم. وقال جو ستارك نائب المدير التنفيذي لقسم الشرق الأوسط وشمال أفريقيا بالمنظمة: "ضرب المتظاهرين والمتظاهرات بقسوة يظهر أن ضباط وجنود الجيش ليس لديهم إحساس بالحدود التي لا يمكنهم تجاوزها". وأضاف: "يحق للسلطات المختصة بتنفيذ القانون القبض على من يرتكب مخالفات، لكن لا يحق لها مطلقًا أن تضربهم وتعذبهم". وأشار تقرير المنظمة إلى أن إخفاق عناصر الجيش في التدخل لحماية أرواح المتظاهرين، ممن وصفتهم عصابات مسلحة استهدفت هؤلاء المتظاهرين يوم 2 مايو، يظهر إهمال جسيم في تأدية الواجب الرسمي وتنفيذ القانون. وتناولت المنظمة الحقوقية تصريحات اللواء مختار الملا عضو المجلس العسكري يوم 3 مايو، محذرًا أي شخص يحاول الاقتراب من وزارة الدفاع، وقالت: "دور الجيش في حماية المنشآت لابد أن تحكمه التزامات مصر الخاصة بحقوق الإنسان التي تقضي بحماية المتظاهرين من الاعتقال التعسفي أو ضرب وتعذيب المحتجزين، والاستخدام المتعسف للقوة أثناء تنفيذ القانون". وجاء في التقرير الحقوقي: "لم تحدث محاسبة للمسئولين عن حالات التعذيب السابقة التي وقعت على يد جنود الشرطة العسكرية والتي ترجع لأكثر من عام، الموثقة لدى المنظمة الحقوقية نفسها وغيرها من منظمات حقوق الإنسان، مثل مركز النديم لتأهيل ضحايا التعذيب". وأشارت هيومن رايتس ووتش أنها وثقت ثلاث حالات على الأقل، وقفت فيها الشرطة العسكرية تشاهد عصابات في ثياب مدنية تهاجم المتظاهرين وأبرزها تظاهرة ماسبيرو في أكتوبر 2011 والعباسية في يوليو 2011 والتحرير في مارس من ذات العام، متهمة المجلس العسكري بقيادة هذه العصابات في بعض الحالات. وقال جو ستورك: "لن يشعر المصريون بالأمان إلى أن يتوفر نظام لإنفاذ القانون يثقون في قدرته على إدارة التظاهرات بفعالية ويحميهم من هجمات البلطجية".
