نفي البابا شنودة الثالث - بابا الإسكندرية وبطريرك الكرازة المرقسية - تمرير أية قرارات بعيداً عن المجمع المقدس، مؤكداً على أن القرارات تصدر بالاجماع بين أعضاء المجمع أو حتى على مستوى اللجان المُختصة. جاء تصريح البابا شنودة رداً على استفسار للبعض بأن هناك اتفاقا بين عدد من أعضاء المجمع المقدس لتغيير "لائحة 57" لانتخاب البابا. وأوضح البابا شنودة في محاضرته الأسبوعية بالكاتدرائية المُرقسية الكبرى بالقاهرة مساء الأربعاء بأن أية قرارات غير صادرة من المجمع ليست لها قيمة على الإطلاق. ويعد المجمع المقدس السلطة الكهنوتية العُليا والتشريعية فى الكنيسة القبطية الأرثوذكسية، وهو المسئول عن الإيمان والعقيدة وطقوس الكنيسة وتشمل سلطته "الرتب الكهنوتية" وكل الشعب. وحول ما إذا كان استبعاد أحد الأباء الأساقفة العموميين المُساعدين للبابا يستلزم قرارا من المجمع ، قال البابا شنودة إن ذلك لا يحتاج لقرار من المجمع ، إنما يكفي اصداره هو لهذا القرار . وفي المُقابل انتقد البابا مُجدداً سلوك بعض الآباء الكهنة الذين يقدمون تعاليم خاصة من تلقائ أنفسهم ومُمارسة طقوس كنسية لا تتفق مع تعاليم الكنيسة الأرثوذكسية، مؤكداً رفض هذه التصرفات مشيرا إلى أنه سيواصل مُتابعة هؤلاء لأخذ موقف تجاههم. ورد البابا شنودة حول استفسار لشخص يعمل مُشرفاً بإحدى صالات القمار في إحدى الفنادق منذ 7 سنوات قائلا : يُمكنك التقدم لإدارة الفندق وطلب تحويلك لعمل آخر بخلاف ذلك، بل وتقديم توبة إلى الله عن عمل هذه الفترة.