نفى البابا شنودة الثالث بابا الإسكندرية وبطريرك الكرازة المرقسية ما تناقلته وسائل الإعلام عن سماح الكنيسة بالزواج المختلط بين المذاهب المسيحية المختلفة وخاصة مع المذهب الكاثوليكى. وأشار إلى أن الكنيسة لم تسمح أبدا بالاختلاف المذهبى بين الزوجين الذى يسهل الطلاق فقط فى المحاكم المدنية. وأكد البابا شنودة- خلال مُحاضرته الأسبوعية بالكاتدرائية المُرقسية الكبرى بالقاهرة الأربعاء - عدم قيام الكنيسة الأرثوذكسية بعقد أي زيجة بين الأرثوذكس والكاثوليك، مُدللاً على ذلك بوثيقة الزواج الحالي التي تعنون ب "الزواج مُتحدى الملة"، مُشيراً إلى أنه إذا اختلف الاثنان في الملة أمام القضاء سوف تطبق عليهما الشريعة الإسلامية. كما أكد على عدم إجازة زواج الأرملة من أخو زوجها المتوفي واعتبره حراما ، مشيراً إلى قول السيد المسيح في موضوع الزواج "لا يكونوا بعد اثنين بل واحداً". وأوضح أنه " قديماً كان يسمح في الشريعة بهذا الزواج في حالة واحدة، وهى إذا مات شخص دون أن يُنتج نسلاً، أخوه يتزوج زوجته والإبن البكر يُسمى باسم أخيه المتوفي لئلا يُحذف اسمه من بني إسرائيل" . وحول ما يتعلق ب "المجمع المُقدس" وهل يُجوز انعقاده في حالة غياب البابا أو بدونه، أكد البابا شنودة أن المجمع المُقدس ينعقد رسمياً برئاسة البابا وقراراته يُوقع عليها البابا وسكرتير المجمع، وأحياناً يوقع عليه كل الأعضاء حينما يكون هناك قرار مُعلن للكل، وأنه يسبق ذلك اجتماع اللجان المُختصة برئاسة أساقفتها ويقوموا بكتابة تقاريرها، وفي اجتماع المجلس تقرأ هذه التقارير وإذا كان هناك استفسارات يتم الإجابة عليها. وفي نفس السياق كان هناك سؤالا حول دور المجلس الملي، أجاب البابا شنودة أن المجلس الملي حالياً لا يجتمع أبداً، وبالتالي كل لجانه لا تجتمع، وأنه لا يستطيع أحد أن يتكلم باسم المجلس الملي حالياً وإلا كلامه ليست له أي صفة. وأشاد البابا بزيارة بطريرك أثيوبيا مؤخرا لمصر مشيرا إلى العلاقات بين الكنيستين قوية وممتدة عبر التاريخ نافيا وجود بروتوكول مشترك يسمح بتدخل أساقفة أى كنيسة فى إختيار بطريرك الكنيسة الأخرى. وحول سؤال لشخص يقول فيه: لماذا يُلقب الآباء الأساقفة بكلمة "سيدنا" بالرغم أن السيد المسيح يقول: "لا تدعوا لكم سيداً على الأرض"، أجاب البابا شنودة أن هذه المقولة كانت مُوجهة للآباء الرُسل وليس لكل الشعب، والسيادة هنا بمعنى الاحترام فقط، مُشيراً إلى البركة التي أخذها يعقوب من أبيه اسحاق حينما قال له: "كن سيداً لأخوتك وليسجد لك بنو أمك".