حصلت جامعة بنى سويف على المركز ال12 محليا من بين 44 جامعة ومعهد بحثي مصري وال74 إفريقيا في تصنيف "نيتشر" للجامعات لعام 2016 والذى يتتبع الموضوعات العلمية عالية الجودة ثم يقيم الأداء البحثي لها . وأوضح رئيس الجامعة أمين لطفى أن هذا المؤشر يعد بمثابة قاعدة بيانات للباحثين يتم جمع معلوماتها من البحوث العلمية التي تنشر في مجموعات دورية علمية عالية المستوى ويتم اختيارها بشكل مستقل ويعتمد التصنيف بشكل أساسي على منشورات علمية في مجالات علوم الطبيعة والكيمياء والفيزياء في مجلات محددة ذات سمعة دولية عالية .. وأشار إلى أن الجامعة لا تدخر جهدا فى دعم الباحثين وتشجيعهم ونشر أبحاثهم العلمية في المجلات الدولية لرفع تصنيف الجامعة ووضعها في مصاف الجامعات الدولية مما ينعكس على تقدم المجتمع والبيئة المحيطة بالجامعة . من جانبه أكد نائب رئيس الجامعة لشئون الدراسات العليا والبحوث الدكتور طريف شوقي أهمية بذل المزيد من الجهد للنهوض بالجامعة إلى أفضل المراكز سواء على المستوى المحلي أو العالمي حيث يعبر ذلك التقدم عن الجهود الإيجابية والبناءة التي يبذلها الباحثون بالجامعة للعمل على رفع شأنها والنهوض بها لافتا إلى أن الجامعة تقدمت في التصنيف على عدة جامعات مصرية مثل الإسكندرية وأسيوط والمنيا والزقازيق ومدينة زويل والفيوم .