حذر خبراء من امكانية اندلاع حرب اهلية سودانية نتيجة انفصال جنوب السودان الذى اكد عليه الخبراء، لافتين لاحتمالية اشتعال الموقف فى اقليمى دارفور-غرب السودان- الذى لم تنتهى مشكلته بالرغم من المحدثات المستمرة، ومنطقة ابيى الغنية بالنفط والتى سيجرى فيها استفتاء مماثل فى وقت قريب. اشار الخبراء الى ان حصة مصر من مياه النيل لن تتأثر فى حال الانفصال حيث ان القاهرةوالخرطوم دولتى مصب وليس منبع ،مؤكدين ان مصر تحركت للحفاظ على امنها القومى فى الجنوب، فيما ابدوا تخوفهم من اتجاه الاقاليم او العرقيات الراغبة فى الانفصال مثل الجنوب ،فضلا عن قلقهم من انشاء دولة اسلامية فى الشمال. جاء ذلك خلال ندوة مركز الجنوب لحقوق الانسان حول "حق تقرير المصير ومستقبل السودان ودول الجوار" الاحد التى اقيمت بمركز هشام مبارك لحقوق الانسان. من جانبه قالت اجلال رأفت استاذ العلوم السياسية بكلية لاقتصاد والعلوم السياسية ان اوضاع السودان الداخلية ساهمت فى تعزيز مطالبة الجنوبين بالانفصال، كما استغل الغرب الانشقاقات بين قيادت الجنوب كثغرة للتدخل فى الشأن السودانى والاستفادة من الموقع الاستراتيجى للخرطوم وثرواته. الانفصال سينتج خسارة سياسية واقتصادية واكدت اجلال ان انفصال الجنوب عن الشمال سيسفر عنه خسارة سياسية واقتصادية للطرفين خاصة وانهما يعتمدان على ايرادات البترول كمصدر اساسى فى الدخل حيث ان اقتصاد السودان تحول الى ريعى من عوائد البترول وتصدير العمالة ، فيما تفتقر جنوب السودان الى البنية التحتية التى لن تؤهله من الاستفادة من دعم البنك الدولى ووعد دول غربية بتوسيع استثمارتها بها، مؤكدة ان المساعدات والدعم لن يستمر طويلاً. اعربت اجلال عن تفائلها لاعتقادها ان حصة مصر من مياه النيل لن تضرر جراء الانفصال ،مدللة على ذلك بان الجنوب مشبع بالمياه الى حد احتياجه لمشاريع تستوعب هذه الزيادة، لكنها لم تخفى تخوفها من امكانية تدخل اثيوبيا –دولة المنبع- لاقناع الجنوب ببيع الفائض من مياهه كنوع من المورد للدولة الحديثة. و اتفق الدكتور السودانى ابراهيم النور استاذ العلوم السياسية بالجامعة الامريكية مع اجلال حول امكانية استغلال الجنوب حال انفصاله لمياه النيل الزائدة فى استكمال المشروعات التنموية التى تعتمد على الرى التكميلى بجانب الرى العادى ،فبالتالى سيتجه الجنوب الى اخذ حصص مياه من الخرطوم، داعياً الى عقد اتفاقية جديدة بين دول المصب والمنبع تراعى فيها الظروف الحالية التى تبدلت منذ 1959.