بالرغم من وجود مئات المعتقلين المدنيين المحكوم عليهم عسكريا خلال أحداث الثورة والذين قبض عليهم أثناء فض الشرطة العسكرية وقوات الجيش للعديد من الاعتصامات والتظاهرات مثل أحداث ماسبيرو ومحمد محمود ومجلس الوزراء ووزارة الداخلية ، ناهيك عن اعتقال مجموعة ضباط 8 إبريل اللذين تضامنوا مع مطالب الثورة وانضموا للثوار بميدان التحرير ، قرر الرئيس محمد مرسي بعد اتصال جرى بينه وبين الرئيس السوداني ، قرر الإفراج عن جميع المعتقلين السودانيين بمصر. المعتقلون المدنيون والمحكوم عليهم عسكريا بسبب تهم أغلبها «سياسية» لم يتم الإفراج عنهم وإن كان يصدر عفوا من وقت لآخر عن بعضهم ، وبعد عشرات التظاهرات والوقفات الاحتجاجية التي نظمها النشطاء و بُح صوتهم فيها للمطالبة بالإفراج عن المعتقلين ، لم يستجب الرئيس محمد مرسي للفراج عن كافة المعتقلين وعلى رأسهم ضباط 8 إبريل. كان الرئيس السوداني عمر البشير اتصالا هاتفيا مع الرئيس محمد مرسي اليوم ، عبر فيه عن شكره وتقديره للقرار والتوجيهات التي أصدرها الرئيس بإطلاق سراح السودانيين المعتقلين بمصر. وذكرت وكالة الأنباء السودانية اليوم "السبت"،أن الرئيسين تطرقا خلال الاتصال إلى العلاقات التى تربط البلدين والشعبين الشقيقين ، وأكدا الحرص على تعزيزها والارتقاء بها نحو آفاق أرحب . وكان الدكتور مرسي أصدر قبل أيام توجيهات بإطلاق سراح جميع السودانيين المعتقلين في السجون المصرية الذين عبروا الحدود السودانية بحثا عن الذهب .