انتقدت صحيفة «نيويورك تايمز» الأمريكية تعامل الحكومة المصرية مع التوترات الطائفية التي انتشرت في السنوات الأخيرة إلي درجة رفضها الاعتراف بوجودها من الأساس، مبرزة أن الحكومة لم تعترف بعد بهذه المشكلة علي الرغم من أنها شهدت واحدة من أخطر حالات تفشي العنف الطائفي في نجع حمادي بدلاً من الإقرار بهذا الواقع، أشارت إلي أن الصراع الطائفي بلغ حد الفتنة. وأشارت الصحيفة في التقرير الذي كتبه مايكل سليكمان- مراسل الصحيفة في الشرق الأوسط - إلي أنه علي الرغم من الاشتباكات العديدة التي حدثت علي مر السنين بين الأغلبية المسلمة والأقلية المسيحية، فإن الحكومة مازالت مصرة علي إرجاع هذه الاشتباكات لأسباب أخري كالنزاع علي قطعة أرض أو ضغينة شخصية أو جريمة من أجل الربح، ودائما تؤكد التصريحات الرسمية أن الجرائم فردية وليست مرتبطة بالعنف الطائفي. ودللت الصحيفة علي ذلك بتصريحات الدكتور أحمد فتحي سرور- رئيس مجلس الشعب-التي قال فيها تعليقًا علي أحداث نجع حمادي: «جريمة نجع حمادي مجرد جريمة فردية وليس لها أي دوافع دينية تماماً مثل جريمة اغتصاب الفتاة». وأضافت الصحيفة الأمريكية أن السكان المحليين والمعلقين وأعضاء البرلمان، مسيحيين ومسلمين علي حد سواء، يقولون إن الحكومة تتبني وجهة نظر ضيقة تجاه الحوادث الطائفية وتعمد إلي تجاهل التوترات الكامنة التي تعكر صفو المجتمع في جميع أنحاء مصر، حيث يقدر الأقباط بحوالي 10% من السكان وتتجاهل أن دوافع القتل أو الهجوم أو الاشتباكات أو أعمال الشغب هي في المقام الأول دوافع دينية. وأشارت الصحيفة إلي أن الكثير من المحللين السياسيين والمعلقين والسكان يعتبرون نهج الحكومة في التعامل مع الاشتباكات الطائفية باعتبارها مشكلة أمنية قد تسبب في تفاقم التوترات ورأوا ضرورة أن يتوقف النظام عن غض الطرف عن التوترات الطائفية لاسيما بين الشباب.