اجمع عدد من المحللين السياسيين علي أن تنظيم القاعدة وراء حادث التفجير أمام كنسية القدسيين بمحافظة الإسكندرية والذي أودي بحياة 22 مواطن،وأرجعوا رؤيتهم إلي الأسلوب الجديد في نوعية العملية والتي تأتي بعد 40 يوما من تهديدات تنظيم القاعدة في العراق من استهداف الكنائس المصرية، حيث أكد عمرو هاشم ربيع الخبير السياسي بمركز الأهرام للدراسات السياسية والإستراتجية -أن يد تنظيم القاعدة ليست بعيدة عن هذا الحادث الإجرامي والذي يأتي بعد 40 يوما من تهديدات تنظيم القاعدة بالعراق بعمليات إجرامية في مصر في حالة عدم الإفراج عن كاميليا شحاتة زوجة الكاهن التي أسملت منذ شهور واحتجزتها الكنيسة. وأرجع ربيع في تصريحاته للدستور الأصلي سبب ترجيحه لتورط تنظيم القاعدة إلي أسلوب الجريمة قائلا: أن أسلوب هذه العملية لا يختلف عن أساليب العمليات الإرهابية والتفجيرية في العراق، سواء من خلال التفجير عن طريق مواد بدائية وكذلك التفجير عن بعد. وفي سياق متصل لم يستبعد تورط الصهيونية العالمية في الحادث حيث قال "صدرت قبل شهرين تصريحات من مدير المخابرات الإسرائيلية أكد فيه استخدام إسرائيل لورقة الفتنة الطائفية كنوع من الضغط علي مصر ولذلك لا يمكن أستبعدها عن هذا الحادث". وعن رسالة القاعدة من هذا التفجير يقول: القاعدة تريد أن تقول نحن قادرين علي تفجير أي مكان في أي وقت، ولم يستبعد ربيع تكرار الحادث خلال الأيام القادمة في ظل حدوث خلل أمني وطالب ربيع بإقالة وزير الداخلية.
ومن جانبه، قال الدكتور كمال حبيب الخبير بالحركات الإسلامية إن كافة المؤشرات تشير إلي توريط تنظيم القاعدة في هذا التفجير الذي تم عن طريق دخول أفراد إلي داخل البلاد لتنفيذ العملية أو التخطيط لها أو ربما تم من خلال أفراد مصرين من الفئات المتعاطفة مع فكر القاعدة أو السلف الجهادى وذلك عن طريق الانترنت مع بعض قيادات القاعدة. وأشار حبيب إلى أن أسلوب هذه العملية هو الأولي من نوعه وهو ما يؤكد أنها عناصر خارجية وبعيدة كل البعد عن خلافات بين المسلمين والمسيحيين أو ما يعرف بالفتنة الطائفية والتي تتخذ أحداث جماعية ذات طابع شعبي أو أحداث فردية واصفا الحادث بأنه دخيل علي المجتمع المصري وهو أشبه بما يحدث في العراق حيث ينم عن فكر مفتقد الرث أو بلا هدف وهذا هو تفكير تنظيم القاعدة ،مستبعدا تكرار الحادث حيث أكد أن نوعية هذه العمليات من عملية المرة الواحدة. واتفق الدكتور سامح سيف اليزن رئيس مركز الجمهورية للدراسات السياسية والأمنية مع سلفه من أن القاعدة هي التي قامت بتلك الجريمة مسترشدا بتهديدها المتكررة خلال الفترة الماضية للكنائس المصرية كان أخرها قبل أيام من ،ووصف اليزن الحادث بالإرهاب الفوضوي.
وحول طبيعة العملية يرجج اليزن أن العبوة الناسفة حملها احد الانتحاريين بالقرب من الكنيسة وقال أن الفحص الأولي كشف أنها عبوة محلية الصنع وذلك من خلال تحليل باقي العينات الموجودة في مكان الحادث ونفي اليزن تقصير قوات الأمن في حماية الكنائس مؤكدا إصابة واستشهاد عدد من ضبابط من حراس الكنيسة مؤكدا أن الأمن يقلل المخاطر ولكن لا يمنعها.