حادثة الهجوم على كنيسة العذراء بالوراق ومقتل 4 مواطنين مسيحيين على يد ملثمين مجهولين مسلحين، ومن قبلها محاولة تفجير مبنى المخابرات العسكرية فى الإسماعيلية، تحوم الشبهات فيها حول جماعة الإخوان المسلمين، خصوصا أن قادة اعتصام رابعة قبل فضه لم يترددوا لحظة فى تهديد الأقباط عقابا على مشاركتهم فى 30 يونيو. الحادثة الأخيرة أمام كنيسة السيدة العذراء والملاك ميخائيل بالوراق راح ضحيتها 4 أشخاص هم كاميليا حلمى عطية (70 سنة)، مريم أشرف مسيحة (8 سنوات)، سمير فهمى عازر (46 سنة)، مريم نبيل فهمى (12 سنة)، و17 مصابا.
أما الحادثة الأشهر التى شهدها الأقباط فى عهد مرسى فكانت الهجوم على الكاتدرائية يوم الأحد 7 أبريل 2013، حيث تم الهجوم على المقر البابوى بالكاتدرائية فى أثناء خروج جنازة ضحايا أحداث الخصوص، واستمر الهجوم نحو 8 ساعات من قبل مجهولين فى وجود الداخلية التى كانت تطلق قنابل الغاز المسيل للدموع على الكاتدرائية، وراح ضحيتها حالتا وفاة ونحو 90 مصابا.
تهديدات الإخوان تحققت عقب عزل مرسى، فمنذ يوم 3 يوليو وحتى 10 يوليو وقعت عدة أحداث، أولها عندما قام أنصار الإخوان وحلفاؤهم مساء الأربعاء 3 يوليو بمهاجمة كنيسة مار جرجس للأقباط الكاثوليك، بقرية دلجا وهاجموا نحو 30 منزلا وعددا من المحال التجارية المملوكة للأقباط وقاموا بسلبها وحرقها، ونتج عن هذه الأحداث وفاة أحد الأقباط.
أما قرية الضبعية بنجع حسان فى الأقصر فشهدت أحداث ساخنة إثر مشاجرة بين مسيحى ومسلم هناك، وتحول الأمر إلى عقاب جماعى لأقباط القرية، وتمت مهاجمة نحو 23 منزلا وقتل 4 أقباط وترك أغلب مسيحى القرية بيوتهم ولجؤوا إلى كنيسة القرية.
وفى العريش قتل القس مينا عبود شاروبيم برصاص إرهابيين أمام الكنيسة، لتكون حصيلة عزل مرسى مقتل 6 أقباط، فى أول 10 أيام من عزله.
أما العدد الأكبر من الهجوم على الأقباط وكنائسهم بشكل منتظم وموسع فى عدد كبير من محافظات الجمهورية فى نفس الوقت فكان عقب فض اعتصامى رابعة العدوية والنهضة يوم الأربعاء 14 أغسطس الماضى، فحسب تقرير رسمى من الكنيسة فقد تم الاعتداء على 85 كنيسة منذ 30 يونيو، وحتى بعد فض اعتصامى رابعة العدوية والنهضة.
أما يوم فض الاعتصام والأيام التالية له فقد رصد تقرير مشترك لاتحاد شباب ماسبيرو، ومؤسسة «ماسبيرو للتنمية وحقوق الإنسان»، وقتها مقتل 5 أشخاص فى عدد من المحافظات.
تقرير «ماسبيرو» رصد الاعتداء على 61 كنيسة، منها 38 كنيسة تم سلب ونهب محتوياتها وحرقها بالكامل، 16 منها فى المنيا، و3 كنائس فى سوهاج، و5 كناس فى الفيوم و4 كنائس فى السويس و7 فى أسيوط، وكنيستان بالجيزة وكنيسة بالعريش، و23 كنيسة تم الاعتداء عليها جزئيا بإلقاء الحجارة والمولوتوف وإطلاق الأعيرة النارية، ورصدوا الاعتداء على 58 منزل، بمناطق متفرقة بالجمهورية، وتهجير أصحابها إلى خارج المدن، و85 محلا تجاريا بمختلف المحافظات، و16 صيدلية بمختلف المحافظات، و3 فنادق هى حورس وسوسنا وإخناتون، و75 أوتوبيسا وسيارة مملوكة للكنائس والأقباط، و6 تم حرقها بالكامل.