قال مصدر مطلع رفض ذكر اسمه إن المجلس العسكرى لن يسمح بأن يقوم رئيس الدولة المدني باختيار القائد العام للقوات المسلحة، وهذا الأمر يمثل معركة الجيش المقبلة والحقيقية عند وضع الدستور؛ لأنه سيحرص على استقلاليته مهما حدث؛ وفقا للمصري اليوم. وجاءت التصريحات عقب جمعة "شكراً عودوا لثكناتكم"، حيث شدد المصدر المقرب من المجلس العسكرى -الذي طلب عدم نشر اسمه- على أن الجيش سيحافظ على استقلاليته، التي تسمح له باختيار قادته، وتنظيم إدارته الداخلية، بعيداً عن مؤسسة الرئاسة المدنية، مبررا ذلك الفكر بأنه قاعدة تم إرساؤها في مصر منذ ثورة يوليو 1952 وساعد في تأكيدها أن رؤساء مصر الثلاثة السابقين كانوا عسكريين فلم تكن هناك مشكلة، لكن وجود رئيس مدني يعني حماية الجيش من أهواء السياسيين والحكام. كانت قضية وضع الجيش في الدستور الجديد أثارت جدلاً في الشهور الماضية، بعد أن أرسل المستشار هشام البسطويسي -نائب رئيس محكمة النقض، أحد المرشحين المحتملين لرئاسة الجمهورية- مذكرة للمجلس الأعلى للقوات المسلحة أعلن فيها رؤيته كرجل قضاء لوضع الجيش في الدستور والدولة الجديدة، وحملت الرؤية عنوان "القوات المسلحة ومجلس الدفاع الوطني"، قال فيها إن الجيش حامي الدولة المدنية. واقترح البسطويسي إنشاء مجلس للدفاع الوطني، يتولى رئاسته رئيس الجمهورية. ويختص المجلس دون غيره بالنظر في الميزانية السنوية للقوات المسلحة.