استنكر عدد من المفكرين الأقباط تصريحات البابا "تواضروس الثاني" بابا الإسكندرية وبطريرك الكرازة المرقسية الذي قال فيها: "إن العصيان المدني مرفوض ويجب إعطاء ولي الأمر فرصة"، مما يعد نقضًا للعهد بينه وبين الأقباط بأن الكنيسة لن تتدخل في السياسة مطلقًا، يأتي ذلك وسط قيام عدد من النشطاء الأقباط بتنظيم وقفة احتجاجية أمام الكاتدرائية المرقسية بالعباسية؛ للمطالبة بعدم تدخل الكنيسة في السياسة، وأكد مراقبون أن الأقباط شعروا بالسعادة في بداية حقبة جديدة من الحياة الروحية المستقلة عن السياسة، وعدم الدخول تحت جناح السلطة والنظام مجددًا؛ نظرًا لأن الأنظمة السابقة كانت تحل مشاكل الأقباط بالوعود الزائفة لإرضاء الغرب، ولكن في الوقت نفسه يدبرون المكائد ضد الأقباط من أجل إخراس ألسنتهم ضد التشدد الديني والعنف الطائفي الذي يواجهونه، وأوضح مراقبون أن "بابا الكنيسة" عليه أن يتدخل في الأمور السياسية التي تتعلق بشئون الأقباط ومصالحهم، مثل الانسحاب من الجمعية التأسيسية للدستور؛ كونها لم تمثل كافة طوائف الشعب المصري، بينما اتفق الخبراء أن الابتعاد عن المشاركة السياسية تتم مقابل تفاهمات غير معلنة بين الكنيسة والدولة تحصل بها الكنيسة على مطالبها ويحصل النظام على تأييد أقباط مصر. مايكل منير رئيس حزب الحياة قال: إن السياسة لا تستند إلى أخلاق أو عقيدة، والدين لا يقبل النقد أما السياسة فتقبلها، لذلك لابد أن تكون المؤسسات الدينية بعيدة تمامًا عن الجدل السياسي العقيم الذي أحدثه النظام الحاكم الإخواني، وعلى البابا "تواضروس الثاني" أن يفي بوعده ويجعل الكنيسة بعيدة تمامًا عن السياسة؛ حتى لا يقال أنه يستغل الدين لتحقيق مصالح سياسية للأقباط، مثل إصدار قانون دور العبادة الموحدة، أو مشاكل الزواج الثاني، وغيرها من الأمور التي تحتاج القرب من دائرة صنع القرار، واصفًا تصريحات البابا بأنها نوع من إرضاء السلطة وقادة التيار الإسلامي، موضحًا أن التظاهر ضد قداسة الباب نوع من خلط الدين بالسياسة؛ لأن الكنيسة ليست مكانًا للشتائم أو التظاهرات، ولكن على الجميع التكاتف من أجل تحقيق متطلبات أقباط مصر. ومن جانبه أكد د. جمال أسعد المفكر القبطي، أن مجيء البابا "تواضروس الثاني" معلنًا أنه لن يكون له دور سياسي، ولا علاقة للكنيسة بالسياسة، جعل جموع الأقباط يباركون هذا وقابله الجميع بالارتياح الشديد، ولكن عودته مرة أخرى لوصف الصراع الدائر بين المعارضة والسلطة بأنه يرفض دعوات العصيان المدني ويرحب بطاعة ولي الأمر، فهو تكرار لطائفية المشهد السياسي السابق بين "مبارك وشنودة"، التي كانت بمثابة مجاملة كاذبة للأقباط ومغازلة خائبة للخارج، موضحًا أن بابا الكنيسة لابد أن يكون دوره دينيًّا وروحانيًّا فقط، ولا مجال للسياسة مجددًا، وعليه أن يتذكر أفعال التيار الإسلامي مع ممثلي الكنيسة أثناء كتابة الدستور الطائفي، بجانب تهميش الأقباط سياسيًّا، وحصر جميع المراكز والمناصب على قيادات تيار الإسلام السياسي، فضلًا عن دعوات عدم مباركة الأقباط في أعيادهم، وكأننا نعيش في جزيرة منعزلة بعيدًا عن الوطن. بينما أوضح د. نبيل لوقا بباوي المفكر القبطي، أن الأنظمة السابقة والحكومات المتعاقبة كانت تحل مشاكل الأقباط بالوعود الهوائية الزائفة لإرضاء الغرب، ولكنهم في الوقت نفسه كانوا يدبرون المصائب والمكائد ضد أقباط مصر من أجل إخراس ألسنتهم ضد التشدد الديني والعنف الطائفي الذي يواجهونه، مؤكدًا أنه لا عودة لنفس ممارسات النظام القديم في استقطاب الكنيسة للتحدث باسمها، كما أن تدخل البابا فيما يحدث سياسيًّا يحدث انقسامًا بين بعض القوى السياسية، وتأخذ موقفًا مناهضًا للكنيسة وأخرى مؤيدة، وهو ما نرفضه كليًا، ولابد أن تكون الكنيسة في موقف المحايد مثل الأزهر الشريف، مشيرًا إلى أن الرئيس مرسي وجماعة الإخوان المسلمين عليهم أن يعملوا مع "تواضروس" بنوع من الوحدة، وليس بتبادل المنفعة، فلا يصح أن يخرج قداسته ويرفض دعوات العصيان المدني وإطاعة ولي الأمر مقابل حل مشاكل الأقباط المعلقة منذ سنوات، كاشفًا أن الدولة لم تتخذ أية إجراءات لحل هذه الأزمات مما يشعر الجماعة القبطية بأن الدولة تقف ضدهم ولا تريد حل مشاكلهم. وطالب نجيب جبرائيل رئيس منظمة الاتحاد المصري لحقوق الإنسان، قداسة البابا تواضروس عدم الحجر على توجهات الأقباط السياسية، وأن يتركهم يمارسون دورهم الوطني ويزاحمون أعضاء التيار الإسلامي داخل الأحزاب والحركات السياسية، بينما على الكنيسة أن تظل مراقبة للمشهد السياسي من بعيد، وأن ينحصر دورها على الجانب الديني والعقائدي فقط؛ نظرًا لأن السياسة مكانها الأحزاب ونحن لا نريد أن تتحول مصر إلى دولة دينية يحركها ويسيطر عليها الرموز الدينية، موضحًا أن البابا عليه أن يتدخل في الأمور التي تهم شئون أقباط مصر فقط مثل مطالبته لممثلي الكنائس بالانسحاب من الجمعية التأسيسية للدستور؛ لكونها لم تمثل كافة طوائف الشعب المصري؛ لأن الأقباط نسيج من الوطن ولابد من مراعاة حقوقهم وواجباتهم تجاه الدولة، مؤكدًا أن الأقباط ضد تجاوز الكنيسة لدورها الديني وكذلك المسجد؛ لأن تداخل الدين مع السياسة يهدم الدولة المدنية. وفي رأي د. رفيق حبيب المفكر القبطي، أن الكنيسة لابد أن تأخذ دورها السياسي مثل مؤسسة الأزهر تمامًا، وتقوم بعمل مبادرات لحل الأزمات السياسية التي يتعرض لها الوطن، بدلًا من التخاذل والانكماش السياسي الذي أصاب الكنيسة وقياداتها، موضحًا أن التمادي في هذا الدور المتراجع بدأ مع النظام السابق واستمر مع النظام الحالي، واتسم موقفها الثابت بابتعاد النصارى عن العمل السياسي واللجوء إلى الكنيسة وممارسة النشاط العام من خلالها والاكتفاء بها ممثلًا للأقباط في الأمور السياسية الشائكة، بجانب الابتعاد عن المشاركة في الأحزاب والحركات الوطنية والسياسية، مقابل تفاهمات غير معلنة بين الكنيسة والدولة تحصل بها الكنيسة على مطالبها ويحصل النظام على التأييد الجماعي باسم الأقباط المصريين، مطالبًا بإحداث نقلة سياسية داخل المؤسسات الدينية في مصر والاهتمام بالشأن السياسي ودعم مواقف سياسية، وتفعيل جهودهما الدينية للحفاظ على الوحدة الوطنية والسلم الاجتماعي بين عنصري المجتمع المصري. عزل الكنيسة سياسيًّا بينما يرى ممدوح نخلة رئيس مركز الكلمة لحقوق الإنسان، أن للكنيسة والسياسة علاقة ثابتة وراسخة ولن يستطيع أقباط مصر عزل الكنيسة سياسيًّا قبل الحصول على حقوقهم المشروعة من النظام الحالي، كاشفًا أن الأقباط لديهم قلق واضح لغياب الرؤية السياسية المستقبلية في البلاد، خاصة وأنه حدثت صراعات سياسية بين "تواضروس ومؤسسة الرئاسة" في بعض المواقف السياسة مثل: الانسحاب من لجنة وضع الدستور، وأيضًا من جلسات الحوار الوطني، مطالبًا البابا تواضروس الثاني الابتعاد نهائيًا عن الساحة السياسية إلا فيما يخص طلبات الأقباط ومحاولة التوافق مع النظام، ويترك الممارسات السياسية للأحزاب والحركات والنشطاء السياسيين القبطيين، وسوف نساعده في الحصول على الحقوق القبطية الضائعة. وطالب نادر الصيرفي المتحدث الرسمي لرابطة أقباط 38، بعودة الكنيسة للتعاليم الدينية والروحانية التي افتقدتهما؛ نتيجة انشغالها بالسياسة في عصر الرئيس السابق "حسني مبارك"، ورغم ذلك لم تحصل على حقوقها وارتضت بمماطلة النظام في قضايا الزواج الثاني وقانون دور العبادة، وظلت تحت جناح السلطة؛ أملًا في التكرم والموافقة على مطالب أقباط مصر، كاشفًا أنه تم إجبار الكنيسة في عصر مبارك على ممارسة السياسية، واعتبرها النظام وسيطًا بينه وبين الشعب القبطي لتأييد قرارات الرئاسة ومرشحي الحزب الوطني المنحل، مشددًا على ضرورة التوافق مع النظام الإسلامي الحاكم والحصول على تفاهمات ووعود؛ نظرًا لأنه يدرك حجم وقوة الأقباط في الشارع بعد الثورة، والانتخابات الرئاسية الماضية خير دليل، كما أن النظام الحالي متحالف بشكل قوي مع أمريكا والغرب، ولذلك لابد من الضغط عليه داخليًّا وخارجيًّا لعودة حقوق المواطنة وبناء الكنائس، ووضع حد لقضايا الطائفية وأسلمة القاصرات وغيرها من الأمور التي تحتاج حلًا سريعًا، بعيدًا عن صمت العقول الذي أصاب قيادات الكنيسة.