وتسببت هذه الأزمة فى عدم توقيع اتفاقية الإطار المؤسسى للتعاون بين دول الحوض على مدى عدة اجتماعات عقدها الوزراء المعنيين فى هذه الدول، وهو ما يعد إعتراف حكومى بهذه الأزمة. وأشار علام إلى أن المشاركون قد إختلفوا حول بند فى الاتفاقية، خلال أحد الإجتماعات التى عقدت فى مدينة "عنتيبى" بأوغندا، والذى يتعلق بالإعلان المسبق عن أى مشروعات فى أعالى النيل من شأنها التأثير على حصة مصر والسودان، جاء ذلك خلال الإجتماع المغلق للجنة العلاقات الخارجية بمجلس الشعب. وأضاف فوجئت مصر فى مؤتمر "كينشاسا" بتكتل دول المنبع لوضع بند الأمن المائى لمصر والسودان ضمن ملحق الاتفاقية، وليس فى صلب المواد، ومن ثم طالبت مصر بضرورة وضع البند ضمن الاتفاقية بعناصره الثلاثة وهى عدم إقامة مشروعات فى أعالى النيل تؤثر على حصة مصر والسودان من مياه النيل، وعدم المساس بالحصة التاريخية لمصر والسودان من المياه، وموافقة مصر والسودان على توقيع أى اتفاقيات بالأغلبية. وفى السياق ذاته، ووجه أعضاء لجنة العلاقات الخارجية إتهام للحكومة بعدم الحفاظ على المكانة التاريخية لمصر فى دول حوض النيل، وأيضا بعدم الاهتمام بحق دول الحوض فى التنمية، وتجاهل المساعدات المقدمة من الدول الأخرى مثل إسرائيل وتركيا لدول الحوض لإقامة مشروعات فى أعالى النيل تساعد فى التأثير على حصة مصر.