رفضت قيادات كنسية مادة مقترحة فى مشروع قانون دور العبادة، تُخضع أموال الكنائس للرقابة المالية من قبل الدولة، وأنها تموَّل ذاتياً ولست من جهة حكومياً. واوضح القمص عبدالمسيح بسيط كاهن كنيسة العذراء بمسطرد، إن هناك شرطا فى مجالس إدارات الكنائس بأن يكون أمين الصندوق من العلمانيين، مضيفاً جميع الدفاتر مختومة بختم الكنيسة، وكل قرش نتسلمه يخضع للمراجعة، والكنيسة ليست جهة حكومية لتتم مراقبتها، وإنما تعتمد على تبرعات أعضائها فقط لتمول نفسها ذاتياً، فلا توجد وزارة أوقاف قبطية. من جهه اخرى، عقد المجلس الملّى القبطى التابع لكاتدرائية الأقباط الأرثوذكس بالاسكندرية اجتماعاً طارئاً بمقر البطريركية – أول، أمس -احتجاجاً على "المصالحة العرفية" التى جرت بخصوص إعادة افتتاح كنيسة العذراء فى منطقة عين شمس، والتى اشترطت عدم تعليق الصلبان أو القبة. فى السياق ذاته، صرح القس مرقس برتى، راعى الكنيسة، بأن نائب المحافظ تلقى ملفاً من إدارة الكنيسة يشمل عقد شراء الأرض الموقع باسم البابا شنودة الثالث، بالإضافة إلى سيديهات عليها الصلوات وإقامة الشعائر الدينية بها فى عام 2008.