ما يثار حاليا من ضبط كميات أسلحة من إسرائيل داخل الكنائس وتحويلها إلى ثكنة عسكرية وليس دور عبادة.. وغيرها من القضايا التي تتحدي فيها الكنيسة سلطة الدولة ، دفعت المحامي نبيه الوحش لرفع دعوى قضائية ضد اللواء حبيب العادلى وزير الداخلية طالب فيها أجهزة الأمن بإخضاع الأديرة والكنائس للتفتيش أسوة بالمساجد، وطالب بضرورة إخضاع الكنيسة لرقابة الجهاز المركزي للمحاسبات، وكافة الأجهزة الرقابية المصرية، باعتبارها مؤسسات تتبع الدولة المصرية وليست دولة منفصلة، وإنهاء الدولة لما دعاها ب "لسياسات التمييزية" ضد الأغلبية المسلمة، متمثلة في إخضاع المساجد والزوايا لعمليات التفتيش والاقتحام من قبل أجهزة الأمن، بينما لا تخضع الأديرة لمثل هذه الإجراءات الأمنية. واستندت الدعوى إلى إلقاء أجهزة الأمن القبض على جوزيف بطرس الجبلاوي نجل وكيل مطرانية بورسعيد أثناء محاولته تهريب مئات الأطنان من المتفجرات مجلوبة من إسرائيل، والتي كانت مخبأة بأماكن سرية في حاويات على سفينة مملوكة له. وتم منعه على إثر ذلك من السفر بموجب قرار أصدره المستشار عبد المجيد محمود النائب العام، وأحيل إلى المحكمة بعد أن أمر قاضي المعارضات بإخلاء سبيله ثم صدر له قرار اعتقال من وزير الداخلية. واتهم البلاغ الكنائس والأديرة بأنها خالفت دورها الرعوي وأنها باتت معتقلات لما أطلق عليهم "المسلمين الجدد"، مشيرًا إلى نماذج لمتحولات للإسلام تحتجزهن الكنيسة، مثل كاميليا شحاتة، ووفاء قسطنطين، مشددا على أهمية تفتيش الكاتدرائيات الكبرى بوادي النطرون والعباسية، التي ذهبت تقارير إلى أنها تحولت إلى مقار احتجاز لعدد كبير من الأقباط الذي اعتنقوا الإسلام خلال السنوات الأخيرة. وتنفي الكنيسة تلك الاتهامات وتعتبرها محاولة لتحريض الدولة عليها، وترفض بشدة إخضاع الكنائس والأديرة لرقابة الدولة، أسوة بالمساجد، إلى حد أن الأنبا بيشوي سكرتير المجمع المقدس هدد ب "الاستشهاد" في مواجهة سيناريو من هذا النوع، بعدما وصف الأقباط بأنهم "أصل البلد" وأن المسلمين "ضيوف عليهم".