على الرغم من إسهام منظومة الخبز الجديدة فى حل العديد من الأزمات والتى كان أبرزها تسرب جزء كبير من الدقيق المدعم للسوق وتحقيق بعض أصحاب المخابز من أصحاب النفوس الضعيفة لمكاسب مالية ضخمة بالإضافة إلى تزاحم المواطنين أمام المخابز فى طوابير طويلة كما نجحت فى توفير رغيف خبز للجميع فضلا عن استبدال نقاط الخبز بسلع غذائية من البقالين التموينيين لمن لم يستهلك حصته من الخبز. إلا أن هناك العديد من السلبيات التى واجهتها عند التطبيق الفعلى بعضها قامت وزارة التموين بحلها والأخرى ما زالت قائمة. ووفقا لتقرير غرفة الجيزة التجارية فإن هناك حالة من الفوضى والارتباك صاحبت التطبيق تتكرر يوميا مثل عدم تحديث البيانات وتأخر استخراج البطاقات الذكية لمن يحملون الورقية بالإضافة لعدم قيام شركة الكروت الذكية بتدريب أصحاب المخابز على استخدام ماكينات الصرف وكيفية عمل تسويات يوميا. كما رصد التقرير قصوراً فى عمل الشركة مما أدى لتعطل النظام ولكن مع الوقت استطاع الجميع تلافى هذه الأخطاء. أما بشأن السلبيات الأخرى التى تهدد بإفشال المنظومة وإبعادها عن أهدافها الحقيقية وهى وقف استنزاف وإهدار الدعم فقد كشف التقرير عن التلاعب الذى يحدث فى ظل التطبيق العشوائى لمنظومة الخبز مما أدى لوجود شبكة من المنتفعين تبدأ الشركات المصدرة للكروت والمطاحن ومتعهدى النقل وبعض أصحاب المخابز من أصحاب النفوس الضعيفة. مؤكدا قيام الفنى الذى يعمل بهذه الشركات بالتلاعب فى النظام الإلكترونى للبطاقات بتسجيل عمليات وهمية لا يمكن كشفها لأن صاحب المخبز يغطى كمية الدقيق المسحوبة من المطحن بالكامل على الأوراق مقابل أن يحصل المطحن على نفس كمية الدقيق بنصف السعر الذى سبق أن باعة للمخبز على الورق فقط دون أن يغادر الدقيق أرضية المطحن أصلا وعليه يحقق المطحن ربح غير شرعى يتراوح ما بين 1000 و1200 جنيه لكل طن دقيق ثم سحبه على الورق فقط ثم يقوم نفس المطحن بإعادة بيع الدقيق مرة أخرى بسعر أكبر أو إعادة نخل الدقيق وتعبئته بجوال دقيق فاخر وبيعه على هذا الأساس وبالمقابل يحصل المتورطون من الشركة على مبلغ يعادل 100 جنيه عن جوال الدقيق أو عن كل ألف رغيف يتم إدراجها على النظام ويليه فى قائمة المنتفعين المتعهد ناقل الدقيق حيث يحصل على مقابل نقل لدقيق المسحوب على الأوراق دون نقله فى الواقع الفعلى. وأكد التقرير أن صاحب المخبز يأتى فى ذيل قائمة المنتفعين بحصوله على الفتات منها إلا أنه يتحمل بمفرده الجريمة. وأشار التقرير إلى إسهام نظام فتح الحصص للمخابز والذى أدى فى النهاية إلى قيام المخابز بسحب كميات كبيرة من الدقيق بزيادة 40% علي معدلها الأصلى. وطالب التقرير بضبط المنظومة والتى تحولت من توفير الدعم إلى زيادة فى إهداره لصالح ضعاف النفوس أما بالنسبة للسلع التموينية فللفساد وجوه أخرى فربما كان فيها الأخطاء بدون قصد أو عمدى أدى إلى صدام مباشر بين البقالين التموينيين وشركة تجارة الجملة الحكومية الموردة للسلع التموينية. وبحسب يحيي كاسب رئيس شعبة البقالة بغرفة الجيزة التجارية فإن هناك اتفاقاً مسبقاً أبرم ما بين وزارة التموين والشركة يتم بمقتضاه قيام الشركة بتوريد الحصة التموينية للبقالين التموينيين نظير خصم 100 قرش من الدعم البالغ 15 جنيهاً من البقالين التموينيين مسبقا من قبل مديريات التموين التابع لها «البقالين». وأضاف أنه لأسباب غير معلومة لم تقم معظم المديريات بخصم نسبة الشركة المقررة وفقا للاتفاق وتراكمت مستحقاتها وتعدت ملايين الجنيهات وفى خطوة مفاجئة بدأت بمطالبتنا وقامت بوقف ضخ حصة البقالين فى الأسبوع الأخير إلا أن تدخل مسئولى الوزارة اضطرها للرجوع فى قرارها وعادت وهددت بوقف ضخ حصة مايو نهائى إلا إننا تفاوضنا مع مسئولى الشركة واقترحنا حصولها على حقها سلع يتم خصمها شهريا من حصصنا وخاصة أننا لسنا طرفاً فى الاتفاق والمفروض أن يقوم بخصم النسبة مديريات التموين. مؤكدا أن الوزارة ضغطت على الشركة لطرح حصة شهر مايو ولكنها لم تتطرق لحل المشكلة.