أخيرا وبعد نزاع استمر 3 أعوام اتفق المستشار عدلى منصور رئيس الجمهورية مع الدكتور أحمد زويل على تسوية ودية لحل النزاع بين جامعة النيل ومدينة زويل للعلوم والتكنولوجيا. تقضى التسوية بأن يُخصص أحد المبنييْن، وهو المبنى الإدارى، لطلاب جامعة النيل، على أن يستأنفوا دراستهم بالمبنى اعتبارا من أول الشهر القادم، ويخصص المبنى الآخر، المسمى بالمبنى العلمى، للباحثين فى جامعة زويل، كما تنص التسوية على أن تقوم الدولة بتخصيص أرض أخرى لجامعة زويل لكى تقيم مبنى مستقلا لها، على نفقتها الخاصة، وبعد إتمام إنشاء مبنى جامعة زويل، يتم انتقال باحثيها إليه، ويتم تخصيص كامل المبنى الحالى لجامعة النيل. رحب ممثلو جامعة النيل بالموقف البناء الذى أبداه الدكتور أحمد زويل، متمنين حرص الرئيس على تحقيق هذه التسوية. ومن المقرر أن يتم إفراغ مضمون التسوية فى اتفاق مكتوب يوقع من ممثلى الطرفين خلال الأيام القليلة القادمة. أعلنت جامعة النيل فى بيان رسمى تسلمها الأراضى والمبانى الخاصة بها من جامعة زويل غدًا، على أن يقوم الدكتور أحمد زويل بإنشاء جامعة العلوم والتكنولوجيا على أرض جارٍ الاتفاق عليها مع الحكومة، وأوضحت الجامعة، فى بيان لها، أنه تم بحث كل الحقوق لقضية جامعة النيل ومدينة زويل والحكومة وتم الاتفاق على أن تعود الأراضى والمبانى والمرافق الخاصة بجامعة النيل إليها ويقوم الدكتور أحمد زويل بإنشاء جامعة العلوم والتكنولوجيا الخاصة بمدينة زويل على أرض جار الاتفاق عليها مع الحكومة. كما تم الاتفاق على أن يتم فى خلال هذه المرحلة الانتقالية اتخاذ عدد من الإجراءات وهى استصدار القرار الجمهورى الخاص بتحويل جامعة النيل إلى جامعة أهلية فى أول اجتماع لمجلس الوزراء، وإرساله إلى رئاسة الجمهورية لاعتماده من الرئيس وإصدار القرار، بجانب أن يتم فورًا دخول طلبة جامعة النيل وباحثيها وأساتذتها والعاملين بها إلى المبنى الإداري وأكدت مدينة زويل فى بيان لها أنها ستسلم المبنى الإدارى غدا لأى جهة وأكدت أنها سوف تخلى المبنى الإدارى نهاية شهر أبريل الجارى طبقا لما أعلنه البيان الرسمى لرئاسة الجمهورية. وأضافت المدينة أنها ستسلم المبنى بمحضر تسليم إلى الجهة التى تسلمت منها المبنى فى الأول من نوفمبر وهى صندوق تطوير التعليم بمجلس الوزراء وكانت الدائرة الخامسة بالمحكمة الإدارية العليا أصدرت أحكاما قضائية برفض الاستشكالات ودعاوى البطلان المقامة من مدينة زويل العلمية، لبطلان الحكم الصادر من المحكمة الإدارية العليا, وأيدت المحكمة أحقية جامعة النيل فى كافة الأراضى والمبانى، التى تم تخصيصها لمدينة زويل. وأكد الدكتور طارق خليل، رئيس جامعة النيل، أنه تم إرسال خطاب رسمى للمهندس إبراهيم محلب رئيس مجلس الوزراء بالحكم القضائى، مختوم بختم النسر وإخطار الدكتور وائل الدجوى وزير التعليم العالى، وذلك لتنفيذ الحكم، مطالبا بعدم المماطلة، لافتا أنه يكفى 3 سنوات من الصبر لإنهاء أزمة الجامعة، مشددا على أنه لا سبيل إلا احترام القانون وكانت الدائرة الخامسة بالمحكمة الإدارية العليا أصدرت أحكاما قضائيا برفض الاستشكالات ودعاوى البطلان المقامة من مدينة زويل العلمية، لبطلان الحكم الصادر من المحكمة الإدارية العليا, وأيدت المحكمة أحقية جامعة النيل فى كافة الأراضى والمبانى، التى تم تخصيصها لمدينة زويل.
