شهدت وزارة الأوقاف أكبر عملية أخونة على مستوى الوزارات، فى أعقاب سيطرة تنظيم الإخوان على وزارة الأوقاف على يد الدكتور طلعت عفيفى، وزير الأوقاف السابق المحسوب على التيار السلفي، وتحولت إلى معقل لجماعة الإخوان المسلمين وللسلفيين وأصبحت مركزاً للشيوخ والدعاة غير الأزهريين، ولم تعد منبراً للوسطية والاعتدال. وصارت فى عيون كثير من الدعاة فرعاً لقسم الدعوة بمكتب الإرشاد، بعدما اعتلى محمد مرسى عرش مصر، كما شهدت الوزارة طوال الأشهر الماضية، مظاهرات لأئمة ودعاة اعتراضا على محاولات ل «الأخونة والأسلفة» وذلك باستقدام عدد من أعضاء جماعة الإخوان العاملين بالوزارة لشغل مناصب قيادية، فضلاً عن الاستعانة بعدد من المنتمين للتيار السلفي وبعد ثورة 30 يونية تم اختيار الدكتور محمد مختار جمعة، وزيراً للأوقاف خلفاً للدكتور عفيفي وتوسم الأئمة والدعاة الخير في الوزير الجديد لكونه ليس له توجهات سياسية أو دينية، وكونه عميداً منتخباً من أعضاء هيئة التدريس ويحمل المنهج الأزهري. وطالب الأئمة الوزير الجديد بعدم تجاهل أخطاء الوزراء السابقين، والتخلص من الفساد الموجود بالوزارة، وإعادة أموال الوقف المنهوبة، وإقصاء الشخصيات المنتمية لجماعة الإخوان المسلمين. واعتبر الشيخ محمد عثمان البسطويسى، رئيس النقابة المستقلة للأئمة، اختيار الدكتور محمد مختار جمعة وزيراً للأوقاف بادرة خير، وعودة حميدة بالدعوة والدعاة إلى رحاب الأزهر، مؤكداً أنه سيعمل معه على نجاح الوزارة بعد الأزمات التى تعرضت لها، مشيداً بوسطيته واعتداله.. وأشار إلي أن العام الماضى كان وبالاً على الدعوة والدعاة، بعدما تحولت وزارة الأوقاف إلى منبر لخدمة مكتب الإرشاد، وانحرف مسار الدعوة تماماً، وتم تسييس الخطاب الدينى وفتح المساجد للمتشددين من التيارات الدينية، لخدمة النظام الحاكم وقتها، كما حولوا بيوت الله إلى ساحات للصراع بعدما استخدمها الإخوان فى الهجوم على المعارضة، واتهامهم بأنهم أعداء لله والدين. وطالبه الشيخ ناصر بليح، بأن يتخذ دروسًا من الوزراء السابقين، ومنها البعد عن أى سيطرة سياسية، مشيرًا إلى سيطرة الحزب الوطنى فى عهد محمود زقروق، الوزير الأسبق، وتسببه فى فساد الوزارة وسرقة أموال الوقف ومن بعده طلعت عفيفى الذى جامل جماعة الإخوان وقام بأخونة الوزارة والديوان العام إلى جانب المديريات، مشددًا على ضرورة تبنى أحوال الأئمة المتدهورة مادياً وأن يتم سن قوانين ولوائح لحمايتهم. وعلي الجانب الآخر، قرر الدكتور محمد مختار جمعة، وزير الأوقاف الجديد فور اعتلائه كرسي الوزارة تطهير الوزارة من أتباع الجماعة الذين تقلدوا مناصب قيادية خلال حكم الإخوان فى العام الماضى وعودة القيادات الوزارية التى أطاح بها طلعت عفيفى، الوزير السابق بما يقرب من مائة قيادة من قيادات الوزارة، الأمر الذى اثار قلق وتوتر القيادات الإخوانية بالوزارة ووصفته بالقرار الانقلابى ووهددوا بمقاضاة الوزير قضائياً. وأنهي انتداب القيادات الإخوانية ممن استعان بهم الدكتور طلعت عفيفى، من خارج الوزارة، ومنهم الدكتور صلاح سلطان، الأستاذ بكلية دار العلوم، من العمل كأمين عام للمجلس الأعلى للشئون الإسلامية، وإنهاء ندب كل من محمود السقارى وعلى عبدالرحمن بيومى، وسمير زكى السيد، وخليل العركى كمستشارين بالمجلس وأمر بحل المجلس الأعلى للشئون الإسلامية، الذى يحوى أكثر من 60 شخصية. وإنهاء ندب الدكتور جمال عبدالستار، وكيل الوزارة لشئون الدعوة، والدكتور عبده مقلد، رئيس القطاع الدينى، وقرر عودة الدكتور سالم عبدالجليل الذي تم تعيينه وكيلاً لوزارة الأوقاف لشئون لجنة السنة بالمجلس الأعلي للشئون الإسلامية، وعودة الشيخ صلاح محمد أحمد حرى فى منصبه كوكيل لمديرية أوقاف الجيزة بعد أن أطاح به الوزير السابق طلعت عفيفى كما قرر «مختار» الاستعانة بقيادات من خارج الوزارة ومستشارين أزهريين لإعادة ترتيب الوزارة داخلياً من الناحية القانونية، وأيضاً تغيير بعض قيادات المديريات ومحاربة الفساد بكل أنواعه داخل الوزارة ومحاسبة الجناة.. وقرر إشراف مشيخة الأزهر على القطاع الدعوى بالأوقاف للمرة الأولى منذ تفكيك المؤسسة الأزهرية فى الستينيات إلى مشيخة ووزارة أوقاف.