أعلن الأنبا بيشوي سكرتير المجمع المقدس يوم السبت 17 مارس 2012، وفاة البابا شنودة الثالث، بابا الإسكندرية وبطريرك الكرازة المرقسية، عن عمر يناهز 89 عاماً. وكان البيان الرسمي لإعلان وفاةالبابا شنودة كالآتي: "المجمع المقدس للكنيسة القبطية الأرثوذكسية يودع لأحضان القديسين معلم الأجيال قداسة البابا شنودة الثالث بابا الإسكندرية وبطريرك الكرازة المرقسية، نياحا لروحه والعزاء للجميع". و تم يوم الأحد 18 مارس 2012 وضع جثمان قداسة البابا في كامل هيئته الكهنوتية، على كرسى القديس مار مرقس في الكاتدرائية المرقسية بالعباسية، لإلقاء نظرة الوداع عليه. وأقيم أول قداس صباح الأحد في وجود الجثمان، ورأس الصلاة الأنبا باخوميوس، قائم مقام البطريرك، في حضور معظم أساقفة المجمع المقدس للكنيسة القبطية الأرثوذكسية. واستمر بقاء الجثمان على كرسى البابوية حتى يوم الثلاثاء 20 مارس 2012، لإتاحة الفرصة أمام أكبر عدد من الأقباط وزوار مصر لإلقاء نظرة الوداع على جثمان البابا شنودة, وتم نقل جثمانه يوم الثلاثاء بطائرة عسكرية بقرار مصدق من المشير محمد سيد طنطاوي إلى دير الأنبا بيشوي بوادي النطرون حيث أوصى بأن يدفن, إذ دفن في تابوت أهداه له بابا روما بندكت السادس عشر. فيديو.. لحظة اعلان وفاة البابا شنودة فيديو.. تشييع جثمان البابا شنودة فيديو.. لحظة وصول جثمان البابا شنودة إلى دير الأنبا بيشوي