قررت نيابة قصر النيل برئاسة سمير حسن وإشراف المستشار حمدى منصور المحامى العام الأول لنيابات وسط القاهرة بعرض والدة وخال محمد الشافعي. والذي توفي فى أحداث اشتباكات المتظاهرين مع قوات الشرطة فى ذكرى أحداث ثورة 25 يناير لعمل تحليل "دى إن إيه" لإثبات النسب للتعرف على جثته التي تم العثور عليه بمشرحة زينهم بعد مرور أكثر من 20 يومًا على وفاته. قالت أمل عباس والدة محمد الشافعي أمام عمرو عوض وكيل اول النيابة إن نجلها خرج يوم الثلاثاء 29 يناير 2013 للمشاركة فى التظاهرات بميدان التحرير ومنذ ذلك اليوم ونجلها متغيب ولم يعد للمنزل. واضافت والده الشافعي أنها اتصلت بجميع أصدقائه للسؤال عنه ولكن لم يستدل على شىء رغم النشر فى عدد من الصحف وكذلك نشر صورة الشافعى، ثم حررت محضرًا بإختفائه وعلمت بأن هناك أشخاصاً مجهولين متوفين فى مشرحة مستشفى الهلال ورأيت العديد من الجثث المجهولة إلي أن تعرفت علي ابنها مصابا بثلاث رصاصات فى الجبهة والكتف والجانب الايسر. وفي نهاية اقوالها امام النيابة حملت والدة الشافعى الرئيس محمد مرسى مسئولية مقتل نجلها ووجهت الاتهام إلى وزارة الداخلية. كما استمعت النيابة إلى أقوال عماد عوض خال المتوفى والذى اتهم وزارة الداخلية بقتل نجل شقيقته وحمل الرئيس محمد مرسى المسئولية عما حدث. كما استمعت النيابة إلى أقوال مصطفي صلاح مشرف بجريدة واصل الاعلانية ورئيس الشافعي في العمل أكد أنه قابل الشافعي يوم 28 يناير الساعة 4.30 في ميدان صلاح الدين بمصر الجديدة, وفي يوم 29 يناير الساعة4 مساء أبلغه الشافعي هاتفيًا أنه سيأتي للعمل في الجريدة في اليوم التالي، وأضاف أن والدته اتصلت عليه وابلغته بتغيب محمد يوم 30 يناير. ومن جانب آخر، فقد كشفت التحقيقات اليوم مع أهلية المجنى عليه محمد الشافعى وجود حالة آخر بمستشفى الهلال فى العناية المركزة ولم يستدل عليها حتى الآن ويدعى عمر مرسى وذلك عقب حدوث خطأ فى تاريخ محضر تغيب محمد الشافعى.