أجرت نيابة أمن الدولة العليا عدة مواجهات بين المتهمين المقبوض عليهم فى حادث تفجير الكنيسة البطرسية، بإشراف المستشارين خالد ضياء الدين، المحامى العام الأول، ومحمد وجيه، المحامى العام للنيابة. وأسفرت المواجهات عن دور كل متهم فى القضية، ودور كل منهم فى الأيام السابقة على مشاركتهم فى ارتكاب الحادث، ومشاركة المنفذ للحادث محمود شفيق. قررت النيابة حبس المتهمين المقبوض عليهم 15 يوماً على ذمة التحقيقات التى تجريها النيابة مع المتهمين، ووجهت إليهم اتهامات الانضمام لجماعة إرهابية، والاشتراك والتخطيط لأعمال إرهابية وعدائية فى البلاد، والمشاركة فى القتل والشروع فيه، وتصنيع وحيازة مواد متفجرة وأسلحة نارية وبيضاء دون ترخيص. كما استعجلت النيابة التقارير الفنية للجهات المتخصصة، وكشفت التحقيقات والتحريات مع المتهمين، أنه تم اختيار موعد التنفيذ بعناية، إذ يقام فى هذا الموعد «قداس كبير»، وهو يوم إجازة من الدولة بمناسبة المولد النبوى، ما يعنى وجود كل الأسر داخل الكنيسة، وهو ما يحقق المخطط المستهدف بإسقاط أكبر خسائر بشرية. تضمنت أقوال للمتهم «رامى» الذى قال: «أنا حاصل على بكالوريوس تجارة، وانضممت لجماعة الإخوان منذ عدة سنوات، وكانت زوجتى (علا حسين من العناصر الفعالة داخل الجماعة، وبعد مقتل القيادى الإخوانى الكبير محمد كمال، مسئول الحراك المسلح على مستوى الجمهورية، أصيب التنظيم بحالة من الارتباك الداخلى، حتى صدرت لنا تعليمات من الخارج، بأن (مهاب. أ)، الذى كنا نطلق عليه لفظ (الدكتور)، إذ يعمل طبيباً، هو البديل لمحمد كمال فى إدارة الحراك المسلح داخل مصر، والإشراف على تنفيذ التفجيرات والأعمال المسلحة، وكان الدكتور قد سافر إلى العاصمة القطرية «الدوحة» منذ عام، والتقى عدداً من القيادات الإخوانية الهاربة هناك، وعلى رأسهم الشيخ يوسف القرضاوى، وعقب مقتل محمد كمال، عاد لمصر مجدداً، وتسلل لسيناء، والتقى مجموعات من التكفيريين والعناصر المتطرفة، وتعلم تصنيع المتفجرات وتدريب الكوادر على التكتيك المسلح، والقنص عن بعد وتنفيذ التفجيرات». وأضاف المتهم فى اعترافاته: «الدكتور كان يستقبل بعض الشباب فى محيط سكنه بمنطقة الزيتون، ويشرح لهم التكتيكات العسكرية، وأفكار سيد قطب، وبعض الأفكار المتشددة للعناصر التكفيرية، ويحثهم على العنف والتخريب، وأكد لهم أن يوم 5 ديسمبر الماضى، صدرت لهم تعليمات من القيادات الإرهابية بالدوحة بالقيام بعمل تخريبى فى مصر، يستهدف الأقباط، نظراً إلى مساندة الكنيسة للدولة ودورها فى ثورة 30 يونيه، والإطاحة بالرئيس المعزول محمد مرسى. وطلب الدكتور ترشيح بعض الأسماء للقيام بالأعمال التخريبية، على أن يكون لديهم استعداد لتفجير أنفسهم فى أى وقت»، كما تبين أن زوجة المتهم الأول كانت مسئولة عن تأجيج الشارع. وكانت متواجدة يوم الحادث مع زوجها على الرصيف المواجه للكنيسة، وعندما تم التفجير انصرفا فرحين.