طال الإهمال قصر الرئاسة بجناكليس، فتمت سرقة محتوياته النادرة التي ترجع الي العصر اليوناني، كما تمت سرقة أبوابه، ونوافذه بل وانتزاع مواسيره المدفونة في جدرانه وأصبح مأوي لمدمني المخدرات، وأرباب السوابق، والساقطات. ويعد الرئيس الراحل محمد أنور السادات أشهر من سكن القصر، فالتقي فيه وفد الإخوان المسلمين، وعلي رأسهم الشيخ عمر التلمساني عام 1973. أقام فيه جعفر نميري الرئيس السوداني الأسبق كلاجئ سياسي عقب اندلاع الثورة الشعبية عام 1985. يرجع تاريخ بناء قصر الرئاسة بجناكليس إلي عام 1948 وتبلغ مساحته (30) فداناً. فتحي حميدة أبو قادوم (62 عاماً) أحد سكان المنطقة أكد أن القصر بناه الخواجة «نيكولا بيراكوس» الشهير ب«جناكليس» يوناني الجنسية، واستعان في بنائه بخبراء ألمان علي الطراز الإيطالي وجعل عدد نوافذه 366 نافذة بعدد أيام السنة. أضاف «أبو قادوم»: عندما أصدر عبد الناصر قرار التأمين استحوذ الإصلاح الزراعي علي القصر، وتم تعيين حراسة عليه. أما السادات فكان يأتي إلي القصر قبل أن يتولي الحكم، وبرفقته سيد مرعي رئيس مجلس الأمة في ذلك الوقت بحسب ما أشار إليه قادوم وبعد توليه الحكم أضاف السادات بعض المباني للقصر منها المسجد ومبني الحاشية، والحرس الجمهوري، وأقام فيه هو وأسرته، ولم يغير من معالمه شيئاً. أكد «قادوم» أن السادات أعلن عن بناء مساكن شعبية في الضفة المواجهة للقصر، بدلاً من التي تم بناؤها بالطوب اللبن. وتابع: بعد تولي مبارك الحكم ظل القصر ملكاً للرئاسة فأقام فيه بعض ضباط القوات الجوية العاملين بمطار جناكليس، ثم تركوه لوزارة الداخلية التي عينت أميني شرطة للحراسة، واللذين يتركانه بعد غروب الشمس، مما تسبب في سرقة محتوياته النادرة.