بعد أرائه المثيرة للجدل وهجومه المستمر علي المؤسسة الدينية في مصر خصوصا في مقاله الأخير بأحد الصحف الخاصة، شن علماء بالأزهر الشريف هجوما مضادا علي الكاتب جمال البنا. وكان البنا قد اتهم العلماء بأنهم يحتكرون الحديث باسم الإسلام، وأكد أن اليهود - وليس العلماء - هم أهل الذكر الذين تحدث عنهم القرآن الكريم في سورة الأنبياء في قوله تعالى "فاسألوا أهل الذكر إن كنتم لا تعلمون" مشيرا الى "إن علماء الأزهر يتخذون من الإسلام حرفة ومهنة، ويرفضون أن يشاركهم أحد في هذه السبوبة - على حد وصفه. الأزهريون من جانبهم أكدوا أن تطاول «جمال البنا» على علماء الدين خاصة في الأزهر، أصبحت «مهنته» التي نذر نفسه لها، واتهموه بالجهل وعدم التخصص في علوم الدين. ونقلت صحيفة الرأي العام الكويتية عن الشيخ فرحات المنجي قوله: البنا ليس مفكرا إسلاميا، ولم يدرس القواعد الشرعية التي تؤهله لتفسير القرآن الكريم، فهو جاهل بعلوم الدين. وتساءل: هل هناك جامعة في العالم تعطي لقب «مفكر إسلامي» الذي يلصقه «البنا» باسمه؟. وقال «المقصود ب أهل الذكر ليس اليهود» كما يزعم، بل هم «أهل العلم» فيما يطلب الرأي فيه، فلا يمكن أن أسأل كاتبا مثل «جمال البنا» عن أركان الحج، أو عن شروط صحة الصلاة أو عن الميراث أو حقوق المطلقة. وذكر الدكتور عبد المهدي عبد القادر إن "آية (فاسألوا أهل الذكر إن كنتم لا تعلمون) ترسي قاعدة علمية لكل البشرية، وهي أن يطلب الإنسان كل علم من أهله المتخصصين فيه، فالمريض يسأل الطبيب، والمسلم يسأل عالم الدين في القضايا الدينية، وهكذا، موضحا ان تطاول البنا على علماء الدين خاصة الأزهريين أصبحت مهنته التي نذر نفسه لها سعيا للشهرة، ولتسليط أضواء الإعلام عليه. وقال أستاذ الثقافة الإسلامية بكلية الدعوة بجامعة الأزهر الدكتور زكي محمد عثمان "جمال البنا واحد من الذين اندسوا تحت زعم الفكر الإسلامي وراحوا يبحثون في كتب التراث وينقبون عن شبهات مردود عليها". وأثارت أراء جمال البنا جدلا داخل المجتمع المصري خاصة اباحته التدخين في نهار رمضان وفق ضوابط معينة ,وهجومه المستمر علي الفقهاء وعلماء الدين وقوله إن بعض المفاهيم التي يطرحها الفقهاء قد تصل الى حد التناقض مع مفاهيم القران. وفجرت فتواه الأخيرة بعدم صحة الطلاق بعد تلفظ الزوج به إلا بعد موافقة الزوجة واستئذانها ردود أفعال شديدة بين رجال المؤسسة الدينية في مصر ما بين مؤيد ومعارض للفتوى بل ومهاجماً لها بشدة. يذكر أن جمال هو الشقيق الاصغر للشيخ حسن البنا مؤسس جماعة الاخوان المسلمين في مصر وهو من المفكرين الليبراليين الذين كثيرا ما تثير اراؤه الجدل الشديد. ومن اهم كتاباته "المراة المسلمة بين تحرير القران وتقييد الفقهاء" و"ما بعد الاخوان المسلمين" و"مسؤولية فشل الدولة الاسلامية في العصر الحديث".