يبدأ المغص الكلوي بانقباض في العضلات الرقيقة لحوض الكلية في محاولة لدفع البول خلال الانسداد في المجرى سواء كان هذا الانسداد ميكانيكياً أو فسيولوجياً بمعنى وجود ضيق حقيقي أو حصوات أو أملاح بكثرة أدت إلى انسداد المجرى أو تقلص فقد بدون سبب ظاهري. مسببات المغص الكلوي 1 كثرة الأملاح وتركيزها في البول إما عن طريق فرز كمية كبيرة من الأملاح مع قلة كمية البول فيصبح البول مركزاً فتتبلور جزئيات الأملاح على شكل حصوات صغيرة أو كبيرة فتعرض السريان الطبيعي للبول. 2 وجود حصوات في مجرى البول. 3 وجود صديد أو دم متجلط. 4 الالتهابات بالإضافة إلى وجود الصديد فإنه يجعل من الطبقة الداخلية المبطنة على حوض الكلية وأعلى الحالب متورمة وسطحها غير ناعم مما قد يسبب في انسداد المجرى. 5 الأورام بالكلية أو الحالب.