كشف التقرير النهائي للجنة تقصِّي الحقائق حول حادث العبَّارة السلام 98 أنه قد ثبت من جميع التحقيقات الفنية والجنائية والعسكرية التي أُجريت في الواقعة أن إشاراتِ استغاثة العبَّارة وردت إلى الجهاز المختص بالشركة الوطنية لخدمات الملاحة الجوية التابعة لوزارة الطيران المدني الساعة الثالثة وتسع دقائق من صباح يوم الجمعة 3/2/2006م. وأكدت وزارة الطيران المدني – بحسب إخوان أون لاين - في خطابها الذي ورد إلى اللجنة أن هذه الإشارات أُرسلت آليًّا في حينها إلى الجهاز المختصّ بتلقِّيها في جهاز البحث والإنقاذ بينما نفَى تحقيق المدَّعي العام العسكري وُرودَ تلك الإشارات إلى جهاز البحث والإنقاذ في المواعيد المذكورة والمحدَّدة من الجهاز الآلي لتلقِّي الإشارات بالطيران المدني على أساس أن الجهاز كان معطلاً وهو الأمر الذي ردت عليه وزارة الطيران بأن الجهاز الخاص بها لم يكن به عطل وإذا كان هناك عطلٌ فربما يكون من قِبَل الجهاز الموجود بمركز البحث والإنقاذ وليس الجهاز الموجود بالشركة الوطنية لخدمات الملاحة الجوية!! وقال التقرير إنه لما كانت الجهتان تابعتين للحكومة وهي التي تستطيع الوقوف على حقيقة الأمر بينهما وتحديد المسئولية عن العطل أو التقصير الذي وقع في ضوء التحقيقات التي أُجريت في هذا الشأن وسواءٌ كانت إشارات الاستغاثة التي ثبت ورودها إلى الجهاز المختص بالشركة الوطنية لخدمات الملاحة الجوية قد أُرسلت آليًّا على الفور إلى الجهاز القابل في مركز البحث والإنقاذ واستقبلها ذلك الجهاز الأخير حينها، أم أن ثمة إهمالاً أو تقصيرًا أو ثمة أعطالاً في جهاز أيٍّ من الجهتين.. فإن ذلك لا يحُول دون مسئولية الحكومة التي تتبعها هاتان الجهتان؛ باعتبارها المكلّفة قانونًا بالبحث والإنقاذ. وأكد تقرير اللجنة أن هذه النتيجة لا تحُول دون انعقاد أية مسئولية مشتركة مع المسئولين عن إدارة الشركة المالكة للعبَّارة المنكوبة، في ضوء ما يثبت لدى المحكمة الجنائية المختصة. وأضاف التقرير أنه كان على الحكومة أن تقيم معسكرًا للعمل قريبًا من مكان الحادث حتى تفرغ من التقاط الناجين وانتشال جثث الضحايا، وتيسِّر سُبُل تعرُّف ذويهم عليهم ونقلهم إلى أماكن دفنهم، في محاولةٍ لتخفيف أحزان الثكالى والأرامل وإجبار خاطر اليتامى، وما يتفق مع رهبة الموت وحرمة الموتى المظلومين. وأشار التقرير إلى أن اللجنة قد واصلت بحثَها لهذه القضية، وتابعت عمل اللجنة الفنية التي شكَّلتها وزارة النقل لبحث أسباب غرق العبارة، ثم أعدت تقريرها المبدئي الذي قدمته لرئيس المجلس في 6/7/2006م، وخلصت فيه إلى مسئولية الحكومة عن مسألتين: الأولى هي تأخر أعمال البحث والإنقاذ من وقت ورود الاستغاثة الصادرة من العبَّارة إلى الأجهزة المعنية في مصر، وترتب على ذلك التأخر تفاقم آثار الحادث وزيادة عدد الغرقى، والذي بلغ- طبقًا لما جاء في قرار الاتهام الذي أعدته النيابة العامة- إلى 1033 شخصًا معظمهم من المصريين، والثانية هي ملابسات إدارة الأزمة بعد وقوع الحادث، من تخبُّط واضطراب وعدم كفاءة لا تليق بأجهزة دولة عريقة ضاربة في عمق التاريخ. ونعت اللجنة على الحكومة أنها لم تتحرك لمكان الحادث بعد وقوعه بوقت قصير، وأوكلت التصرف فيه إلى الأجهزة المحلية، على قلة حيلتها، وقصور إمكانياتها إزاء عظم المصيبة وفداحة الكارثة!! ووجه التقرير انتقاداتٍ حادَّةً لهيئة السلامة البحرية واتهمها بالتهاون والإهمال الذي يقترب من حدِّ العمد في تطبيق القواعد المنصوص عليها في القوانين والمعاهدات والأعراف الدولية لضمان سلامة الركاب، بما في ذلك ما يتعلق بتحديد عدد الركاب المسموح للسفينة بنقلهم أو معدات الإنقاذ، من فلايك ورمانات، يقتضي مداومة فحصها والتأكد من صلاحيتها لإنقاذ الركاب عند تعرُّض السفينة لحادث غرقها. وكشفت اللجنة في تقريرها عدم التزام شركة السلام للنقل البحري التي تتبعها العبَّارة الغارقة بأساليب الإدارة الآمنة المنصوص عليها في قانون التجارة البحري وقانون سلامة السفن رقم 232 لسنة 1989 ومدونة الإدارة الآمنة الصادرة عن هيئة الملاحة البحرية الدولية، الأمر الذي كان يوجب على تلك الشركة متابعة الاتصال بالسفن التي تقوم بتشغيلها؛ لكي تقف أولاً بأول على حالة تلك السفن أثناء الرحلات والمبادرة إلى مدِّ يد المعونة إليها إذا ما تعرضت لأية أزمة حتى يمكن تدارك الأمر والحيلولة دون تفاقم هذه الحوادث. وأشار التقرير إلى أنه قد ورد إلى اللجنة تقرير المدعي العام الاشتراكي الذي تضمَّن التحقيقات التي أجراها والتوصيات التي خلص إليها، وهي تتفق في معظمها مع ما تضمنه التقرير المبدئي للجنة تقصِّي الحقائق، كما جاء بذلك التقرير أن وزير النقل أصدر قرارًا بتاريخ 4/10/1997م بتعيين ممدوح إسماعيل عضوًا لمجلس إدارة هيئة موانئ البحر الأحمر لمدة سنتين، ثم صدر قرارٌ آخر بتاريخ 2/5/2002م بتعيينه عضوًا بمجلس إدارة ذات الهيئة، وأنه ثبت أن مجلس إدارة الهيئة قد منح شركة السلام للاستثمار البحري- التي يرأس مجلس إدارتها ممدوح إسماعيل- ترخيصًا بحق الانتفاع بمساحة 2481 مترًا داخل ميناء السويس لاستغلال تخزين سيارات النقل الكبيرة القادمة الخاصة بتلك الشركة نظير مقابل انتفاع قدره 20 جنيهًا للمتر المربع في السنة، وأن ذلك الترخيص لا يزال ساريًا، وأن الشركة المخصص لها استخدمت تلك الأرض في غير الغرض الذي خُصِّصت من أجله.