أصدر الدكتور محسن السيد، رئيس قطاع الآثار الإسلامية والقبطية بوزارة الآثار، قرارا بوقف أعمال ترميم مبنى المجمع العلمي المحترق، وذلك لمخالفتها الشروط الأثرية، كما طلب رئيس القطاع الإطلاع على مشروع الترميم الذى أعده محافظ الجيزة الدكتور على عبد الرحمن المكلف رسميا من المجلس الأعلى للقوات المسلحة بالإشراف على مشروع الترميم. وأكد "السيد" أنه فوجئ ببدء أعمال ترميم المجمع بطرق غير سليمة، وهو ما دفعه لاتخاذ قرار فوري بوقف أعمال الترميم لحين الإطلاع على المشروع، والموافقة عليه، أو تعديله أو رفضه، فى حال عدم جودته، موضحاً أن المجلس العسكري كلف الدكتور على عبد الرحمن بالإشراف على المشروع بالتعاون مع شركة المقاولون العرب، رغم أنه أستاذ هندسة إنشاءات ولا علاقة له بالترميم. كما انتقد الدكتور مختار الكسباني أستاذ الآثار الإسلامية والقبطية، إشراف عبد الرحمن على مشروع الترميم، موضحا شروعه فى جريمة ستؤدى إلى انهيار مبنى المجمع بعد ترميمه، لأنه استخدم الأسمنت الأسود فى عملية الترميم، وهذه المادة تؤدى بعد فترة قليلة إلى تآكل الحوائط وتساقطها، مؤكدا أنه لو تمت عملية الترميم بهذا الشكل سينهار المبنى بعد أشهر قليلة جداً.