بينما يستعد البرلمان لمناقشة تعديل قانون الأزهر، بدأ الدكتور أحمد الطيب شيخ الأزهر في تفعيل القانون المعدل دون انتظار للتصديق عليه من قبل البرلمان، مما يوحي بنذر مواجهة بينهما. فقد قام شيخ الزهر باتخاذ قرارات وإجراءات فاعلة تخص الطلاب الأوائل الذين اعتصموا بجامعة الأزهر مدة أسبوعين كاملين لعدم البت في قرارات تعيينهم، دون أن يقوم بالرجوع إلى رئيس الوزراء المختص بصفته وزير شؤون الأزهر، كما كان معمولا به في القانون قبل تعديله. كما ستقوم هيئة كبار العلماء التي يجري تشكيلها حاليا بانتخاب مفتي للجمهورية، لأن المفتي الحالي الدكتور على جمعة قارب سن الإحالة إلى التقاعد. وأشارت "العربية نت" أن اللجنة المختصة باختيار هيئة كبار العلماء قاربت على الانتهاء من أعمالها لإختيار أعضائها في سرية تامة، وهي تحت إشراف باشراف المستشار الفني لشيخ الأزهر الدكتور حسن الشافعي وقد بحثت ملفات قرابة 100 عالم أزهري للاستقرار على اختيار 40 عضواً للهيئة. وكشفت مصادر أزهرية أن شروط عضوية الهيئة المكلفة بتشكيل قيادات المؤسسة الدينية تتطلب الحصول على شهادة الدكتوراه، إلا أنه في ذات الوقت فإن القانون ينص على ضرورة تدرج العضو في تعليمه بكليات ومعاهد الأزهر، والذي لا ينطبق على مشرف اللجنة الدكتور حسن الشافعي. وكان المجلس الأعلى للقوات المسلحة قد أصدر القانون في اليوم الأول لانعقاد مجلس الشعب ، ولكي لا يكون القانون مهدد بالبطلان بسبب انتقال السلطة التشريعية للبرلمان، قام المجلس العسكري بإصداره بقانون سابق لجلسة البرلمان وبالتحديد يوم 19 يناير. وقد رفض البرلمان تعجل المجلس العسكري في إصدار القانون، مشيرين إلى أن تأجيل إصدار القانون عدة أيام لن يضر بمستقبل الأزهر، ويصر نواب البرلمان على ضرورة مناقشة القانون من جديد وإعادته إلى البرلمان صاحب الحق الأصيل في التشريع، وخاصة لجنته الدينية التي يرأسها الأزهري المنتمي إلى جماعة الإخوان المسلمين التي تشكل أغلبية البرلمان الشيخ سيد عسكر. وكانت التعديلات التي أدخلتها لجنة تعديل وتطوير قانون الأزهر أثارت برئاسة المستشار طارق البشري جدلاً كبيرًا داخل الأزهر الشريف، حيث ينص التعديل على تحديد سن خروج شيخ الأزهر للمعاش ب80 عامًا، وإنشاء هيئة كبار العلماء مع تحديد سن الانضمام إلى عضويتها ب55 عامًا. وقد أصدرت حركة استقلال الأزهر والعديد من ائتلافات الثورة بيانًا أعربوا فيه عن غضبهم من تمرير قانون الأزهر رغم ما يسوده من عوار فاضح، معتبرين أنه تم تفصيله على مقاس القائمين على الأزهر، وأنه "يعد بمثابة المؤامرة المنظمة بين الطغمة المسيطرة على الأزهر من فلول الحزب الوطني المنحل وبين مجلس صناعة الأزمات المسمى بمجلس الوزراء".