أبدى مجلس حقوق الإنسان بالأمم المتحدة، رفضه للتعديلات التي قدما النظام العسكري، بخصوص القرار الخاص بالفريق العامل المعني بحالات الاختفاء القسري. الملفت في الأمر، هو أن التعديلات التي قدمها العسكر، لم تتبناها أي دولة من الدول الأعضاء بالمجلس وتم رفضها دون أن تتم عملية التصويت داخل المجلس. وتقدمت منظمات حقوقية، بمئات الدعاوى أمام محكمة القضاء الإداري ضد النظام لإلزام الداخلية بالإفصاح عن مصير مختفين قسريا. من جانبها، تصر داخلية العسكر، على عدم وجود مختفين قسريا في مصر أو حتى وجود أي معتقل سياسي لديها، رغم توالي التقارير والإدانات الدولية التي تكشف ارتفاع حالات الاختفاء القسري وتتحدث عن تفصيله. وكشف تقرير منظمة "هيومن رايتس ووتش" عن قيام ضباط من الشرطة وعناصرها، وقطاع الأمن الوطني، في عهد السيسي، بتعذيب المعتقلين السياسيين بشكل روتيني بأساليب تشمل الضرب، الصعق بالكهرباء، وضعيات مجهدة، والاغتصاب.