يتعرض معتقلو سجن الوادي الجديد، انتهاكات حقوقية وإنسانية عدة، من قبل مسئولي الأمن عن السجن، وصلت لحد إخفاء ملفاتهم، وفق ما أكدت منظمة حقوقية. وبحسب رسالة مسربة من داخل معتقل الوادي الجديد ، نشرتها التتسيقية المصرية للحقوق والحريات جاء فيها: "السلام عليكم ورحمة الله وبركاته أما بعد فإنا ننقل لكم أخبار ما يحدث في معتقل الوادي تلك الأيام، تم إخفاء ملفات الكثير من المعتقلين السياسيين من داخل المعتقل وتم منع التعيين اليومي عن المعتقلين السياسيين بحجة ( أن مصر مفهاش فلوس تصرف عليكم) ". وجاء في الرسالة أيضًا: "يتم التعنت الشديد ناحية الأقارب المعتقلين معا حيث يمنع الأب من رؤية ابنه والأخ من رؤية أخيه رغم أن كلاهما معتقل في نفس السجن ويمنع خروجها معا في وقت التريض، وتم تقليل مدة التريض إلى دقائق معدودة يسمح بها أو لا يسمح الضابط المسئول حسب مزاجه اليومي". وأضافت الرسالة: "الغلاء الشديد في أسعار الكانتين السياسيين فقط فمثلا سعر كيس السكر يتعدى ال 15ج والمجمدات باهظة الثمن في ظل منع التعيين اليومي كما منع دخول الملابس الشتوية أو الكوفرتات أو البطاطين بالرغم من برودة الجو الشديد ليلا في المعتقل". ومن ضمن الانتهاكات الأخرى، أشارت الرسالة إلى "تعرض الأهالي للإهانة والسب بالإضافة إلى التعنت الشديد في تفتيش زيارة السياسيين عكس زيارة الجنائيين تمام وتفتيش الغرف وحرق الكتب والمصاحف وملابس المعتقلين وسكب أي أغذية على الأرض والتعدي بالضرب على أي معتقل يتفوه بكلمة وأخذه إلى التأديب والحبس الانفرادي ". وحمل أهالي معتقلي الوادي الجديد إدارة السجن ومصلحة السجون والداخلية المسئولية الكاملة عن سلامة ذويهم، مطالبين بإدخال ملابس شتوية وبطاطين لهم، وبإدخال كافة المواد الغذائية التي يأتون بها في الزيارة خصوصًا بعد منع التعيين اليومي.