قال الدكتور حسن نافعة أنه يتلقى بشكل منتظم، كما يتلقى آلاف وربما ملايين غيره، رسائل من منظمات مسيحية عديدة، منها "الجمعية الأمريكية القبطية" التى يترأسها محام يدعى موريس صادق، ومقرها واشنطن، وقال أن "هذه المنظمات لا همّ لها إلا إشعال فتيل فتنة طائفية فى مصر، فهذه المنظمة لا تكتفى بإدانة التطرف الإسلامى، ولكنها توجه اتهاماتها إلى الإسلام نفسه وإلى نبيه، وتعتبر كل مسلم فى مصر محتلاً غازياً وتتبنى المنظمات المسيحية مبدأ تطهير ما يسمى بأرض الأقباط من المسلمين الغزاه وطردهم، بل تدعو علنا للتحالف مع يهود العالم ومع إسرائيل نفسها لتحقيق هذا الهدف. فهل يجوز لنا استبعاد فكرة أن تكون لهذه المنظمات علاقة مباشرة أو غير مباشرة بجريمة الإسكندرية؟!". وقال "لا أدعى علماً بخفايا التعقيدات الأمنية، لكنى لا أستطيع، من منظور عقلانى بحت، استبعاد هذا الاحتمال كلية، وما كنت لأقدم على تناول هذا الأمر إعلامياً، إدراكاً منى لحساسيته، لو لم تكن مواقع إلكترونية قد تناولته صراحة، منها على سبيل المثال لا الحصر (المصريون) و(وكالة أنباء الرابطة) وغيرهما، ذهبت إلى وجود شبهات قوية حول احتمال تورط أحد تنظيمات مسيحيى المهجر فى حادث تفجير كنيسة القديسين بالإسكندرية، فقد نقل على لسان المتحدث الرسمى باسم الداخلية الألمانية أن وزارته تلقت فاكسا قبل الحادث من الأنبا دميان، الأسقف العام للكنائس الأرثوذكسية، يشير إلى تهديدات بتنفيذ عمليات إرهابية ضد كنائس مصرية فى ألمانيا وفرنسا وبريطانيا والإسكندريةوالقاهرة أثناء قداس رأس السنة الميلادية، طالبا من جهات الأمن تأمين الاحتفالات بأعياد الميلاد التى ستقام فى الكنائس المصرية فى الولايات الألمانية.
وترى مصادر أمنية فى القاهرة أن هذا التصريح يعزز ما كان لديها من شبهات حول علم منظمات مسيحية فى المهجر مسبقا بالعملية الإرهابية فى الإسكندرية، مؤكدة أن الكنيسة المصرية لم تقم بإبلاغ أجهزة الأمن المصرية بما كان متوافرا لديها من معلومات حول هذا الموضوع. ولأنه سبق لمتطرفين (إسلاميين) أن قاموا بتفجير مساجد فى أماكن عديدة حولنا، لإثارة فتن طائفية، يعتقدون أنها تخدم مصالحهم، فليس من المستبعد ابتداءً أن يقدم متطرفون (مسيحيون) على الاشتراك بشكل مباشر أو غير مباشر فى تفجير كنيسة لإثارة فتنة طائفية يعتقدون أنها تتيح الفرصة للولايات المتحدة والصهاينة بأن تهبا للدفاع عنهم وتمكينهم من "طرد المسلمين الغزاة من مصر وطن الأقباط، وفق زعمهم، فالتطرف هو التطرف. من المهم جدا معرفة حقيقة ما حدث، سواء مَن حرض أو مَن نفذ هذه الجريمة البشعة. لذا يتعين أن تتحلى الجهة التى سيوكل إليها التحقيق فيها بأعلى قدر من النزاهة والشفافية، وألا تستبعد أى احتمال، لأن تشكيل لجنة تحقيق مستقلة فى هذا الحادث لم يعد مطلبا قبطيا، وإنما هو مطلب وطنى عام".
مسئولية الكنيسة وتحت عنوان "ألا تقرأ يا شنودة" كتب الكاتب السعودي خالد الأنشاصي مقالته في جريدة "الوطن" السعودية التي حمل فيها البابا شنودة المسئوبية كاملة عما حدث من تفجير في كنيسة القديسين بالإسكندرية ، وقال الكاتب رسالتان محددتان أرسلتهما عبر هذه الزاوية لبابا المسيحيين في مصر، ولكن يبدو أنه لا يقرأ!.
الرسالة الأولى كانت بتاريخ 10/ 9/ 2010 وعنونتها ب"مسلمة خلف قضبان الكنيسة"، وناشدت فيها البابا شنودة أن يطلق سراح كاميليا شحاتة التي اختطفتها الكنيسة بعد إعلان إسلامها، ولم تزل حتى يومنا هذا في مكان لا يعلمه إلاّ الله والقائمون على أمر الكنيسة المصرية وعلى رأسهم شنودة. أما الرسالة الثانية فكانت بتاريخ 5/ 11/ 2010 وعنونتها ب"وفاء وكاميليا.. إرهاب الكنائس"، وحذرت فيها من استمرار احتجاز وفاء قسطنطين وكاميليا شحاتة خلف قضبان الكنيسة بعد إعلان إسلامهما، وذكّرت البابا بما قاله شعراً ذات يوم: قل لمن يزرع أشواكاً كفى هو نفس الشوك أيضاً سوف تجني ولكن يبدو أنه لم يكن شعراً حقيقياً، وإنما يندرج بامتياز تحت قوله تعالى: "... وأنهم يقولون ما لا يفعلون"!. اليوم وقد جر اختطاف المسيحيات اللائي أعلنّ إسلامهن كوفاء وكاميليا وغيرهن، الإرهاب على الكنائس المصرية، وجعل مصر تعيش فترة عصيبة من تاريخها، خوفاً من اندلاع حرب طائفية، هل لنا أن نسأل البابا: لماذا جنيت على مصر باختطاف وفاء وكاميليا؟!، وهل الدماء التي سالت والأشلاء التي دمعت لها عيون المسلمين كالمسيحيين تماماً، والأواصر التي تتهتك يوماً بعد يوم رغم رسوخها التاريخي بين المسلم والمسيحي في مصر، بعد حادثة تفجير كنيسة القديسين بالإسكندرية، كلها تهون في سبيل إخفاء سيدتين كل ذنبهما أنهما اختارتا الإسلام ديناً؟!. ثم هب أنهما أخطأتا – كما تعتقد – في ترك المسيحية، فهل ستحاسب أنت عنهما يوم القيامة؟!. نحن هنا – وكما قلنا من قبل – لا نبرر الإرهاب، بل نرى في الاعتداء على الكنيسة تطرفاً وإرهاباً لا يقره دين ولا منطق ولا عرف، ولكننا في الوقت نفسه لا نرى - كالبعض - بعين واحدة!.
قلت قبل أكثر من شهرين في هذه الزاوية: إن العقل الذي يرفض ما فعله الإرهابيون في كنيسة بغداد، هو نفسه الذي يرفض أن تجر الكنيسة المصرية الوبال على نفسها وعلى مصر بشكل عام، واليوم وقد فعلت الكنيسة المصرية ما حذرت منه أقول: إن الدماء التي سالت في الإسكندرية – أياً كان الجناة – ستظل معلقة في رقبة الكنيسة، ولن يكفر عنها اعتكاف البابا ما بقي له من حياة، وأكاد أجزم أن شنودة لن يقرأ هذه الرسالة أيضاً، لنضع أيدينا على قلوبنا في كل أعياد المسيحيين القادمة، ولك الله يا مصر!.