صلاحيات كبيرة كفلها دستور 2014 للجهاز المركزي للمحاسبات، إلا أن تقاريره التي ترصد فيها فساد ضخم في مؤسسات الدولة أصبحت هي والعدم سواء، فلا تحقيق فتح للتأكد من صحتها ومعاقبة المسئولين. وينص الدستور فى مادته (219) على أن "يتولى الجهاز المركزى للمحاسبات الرقابة على أموال الدولة والأشخاص الاعتبارية العامة، والجهات الأخرى التى يحددها القانون، ومراقبة تنفيذ الموازنة العامة للدولة والموازنات المستقلة، ومراجعة حساباتها الختامية". القوى السياسية رأت أن تجنب التحقيق في هذه التقارير يثير شكوكًا حول الفساد فى بعض مؤسسات الدولة، و طالبوا بسرعة تشكيل البرلمان للضغط من أجل التحقيق في تقارير الفساد. "مؤسسة الفساد" أكد السفير معصوم مرزوق، ضرورة إزالة أى شكوك وأى شبهات حول الفساد من خلال إجراء تحقيق قضائي مستقل فى كل الاتهامات التى تضمنتها تقارير الجهاز المركزى للمحاسبات،مضيفًا: "من المعروف أن مساحة الفساد تتجاوز ما ورد فى تلك التقارير بمساحات شاسعة فمن المؤسف أن الفساد قد ضرب المجتمع المصري حتى النخاع"، على حد وصفه. وأكد مرزوق ل"مصر العربية" أن الفساد في مصر يبدأ بفساد الموظف الصغير المرتشي وتتزايد صورته تعقيدًا كلما ارتفعنا، ورأى أن "مؤسسة الفساد" أقوى من جميع مؤسسات الدولة، ولتحقيق أى نجاح فى عملية التنمية يجب تفكيك هذه المؤسسة والقضاء عليها بالتدريج. ولفت إلى أن الثورة لم تقض على الفساد فرغم وجود وزارة للعدالة الانتقالية والأجهزة الرقابية المختلفة، إلا أن تقارير هذه الأجهزة لا تعامل بالجدية المطلوبة. وألمح مرزوق، إلى أن من يحاول تعقب الفساد يجرى تعقبه وإهانته كما يحدث مع رئيس الجهاز المركزى للمحاسبات المستشار هشام جنينة. وطالب مرزوق الدولة بالقضاء علي رؤوس الفساد لإنقاذ الدولة من الفساد باعبتاره العدو الداخلي الذى يفتت قوة هذه الدولة، محذرًا من انهيار الدولة إذا ما استمر الفساد على وضعه الحالي. تقاريره مجرد بلاغ وقال الدكتور محمود كبيش، عميد كلية الحقوق بجامعة القاهرة، إن الجهاز المركزى للمحاسبات يتولى فحص الملفات المالية للجهات العامة فإذا تبين له أن هناك خللًا معينًا أو مخالفة ما فإنه يبلغ بها الجهة الإدراية المختصة، ويطلب تصحيح الخطأ. وتابع كبيش: "إذا تبين أن هناك شبهة جريمة يبلغ بها النيابة العامة لتجرى التحقيق فيما رصده الجهاز"، لافتا إلى أن تقرير الجهاز فى هذه الحالة مجرد بلاغ ليس شرطًا أن يمثل جريمة جنائية من وجهة نظر القانون حسب ما يتبين للنيابة العامة من صحة التقرير". وأوضح عميد كلية الحقوق، أن الجهاز المركزي للمحاسبات جهاز فحص وليس جهة قضائية وبالتالي فإن دوره هو شرح الصورة الأفضل والتى يجب أن تجرى بها المحاسبات فى مؤسسة ما.