كشفت صحيفة نيويورك تايمز أن وكالة المخابرات المركزية الأمريكية "سي.اي.ايه" استأجرت عام 2004 متعاقدين من شركة "بلاك ووتر" الأمنية الخاصة ضمن برنامج سري لملاحقة واغتيال كبار أعضاء تنظيم القاعدة. وبحسب الصحيفة قال مسئولون أمريكيون حاليون وسابقون: إن "بلاك ووتر" ساعدت في التخطيط والتدريب والمراقبة في برنامج أنفقت عليه "السي.اي.ايه" بضعة ملايين من الدولارات دون أن تعتقل أو تقتل أحدًا من المستهدفين". وقالت الصحيفة: "لم يتضح ما إذا كانت المخابرات المركزية الأمريكية اعتزمت استخدام متعاقدين مع "بلاك ووتر" في اعتقال أو قتل أعضاء القاعدة أم أنها اعتزمت قصر دورهم على التدريب والمراقبة". وكانت شركة "بلاك ووتر" الأمنية الخاصة التي تتخذ من نورث كارولاينا مقرًا لها، قد أثارة الجدل في العراق عام 2007، حين اتهم رجال الأمن التابعين لها المستأجرين لحراسة الدبلوماسيين الأمريكيين باللجوء إلى القوة المفرطة في حادث لإطلاق النار في العاصمة العراقية بغداد أدى إلى مقتل 17 مدنيًا عراقيًا. وقالت نيويورك تايمز: "لجوء السي.اي.ايه إلى شركة خارجية للمشاركة في برنامج سري اضطر ليون بانيتا مدير المخابرات المركزية الأمريكية إلى إبلاغ الكونجرس في يونيو بأن الوكالة حجبت تفاصيل هذا البرنامج طوال سبع سنوات". وأشار تقرير الصحيفة إلى أن لجنة المخابرات في مجلس النواب الأمريكي تحقق في عدم اطلاع المشرعين الأمريكيين على البرنامج طوال هذه المدة.