وافقت النيابة العامة والمدعى العام العسكري على تنفيذ حكم القضاء الإداري بضم مدة الحبس الاحتياطي التي قضاها أربعة من أعضاء الجناح العسكري بتنظيم "الجماعة الإسلامية" إلى مدة الحكم الصادر بحقهم من المحكمة العسكرية، ليتم بموجب ذلك الإفراج عنهم، بعد انتهاء مدة محكومياتهم. ويعد ذلك إحدى ثمار المراجعات الفقهية ل "الجماعة الإسلامية" قبل سنوات، التي أعلنت من خلالها نبذها العنف المسلح ضد الدولة، واعترفت بخطئها في المشاركة في اغتيال الرئيس الراحل أنور السادات، وعدلت عن دخولها في صدام مسلح مع الدولة التي قابلت ذلك بالإفراج عن غالبية أعضاء التنظيم في السجون. وقال الدكتور ناجح إبراهيم عضو مجلس شورى "الجماعة الإسلامية"، إنه بناء على تلك الخطوة التي كللت جهودا استمرت لمدة ستة أشهر، تم الإفراج عن الدكتور محمد عاطف وهو طبيب وحاصل على ليسانس الحقوق وعمره 36 عاما وهو أعزب من مدينة أخميم بسوهاج، وقضى في السجن 15 عام وهى مدة الحكم الذي حكمت به المحكمة العسكرية عام 1997. والثاني هو عبد العاطي الشريف، وهو مهندس زراعي وحاصل على ليسانس حقوق ودبلوم دراسات عليا في حقوق الإنسان، ويدرس أيضا بقسم اللغة العربية بكلية الآداب، وهو ابن عم الداعية الشهير هشام عبد الحفيظ. وكان قد تم اعتقال الشريف لأول مرة عام 1989، ثم اعتقل مرات أخرى حتى تم القبض عليه عام 1994 وصدر ضده حكم بالسجن 15 عاما من قبل المحكمة العسكرية وقضى المدة كاملة. أما المفرج عنه الثالث فهو صابر عبد الهادي عبد الله مسعد من أبو زعبل بالقليوبية وهو حاصل على الليسانس والماجستير في القانون ويحضر حاليا لرسالة الدكتوراه، ويبلغ من العمر 37 عاما وكان محكوم عليه بالسجن 15 سنة بعد أن تم القبض عليه عام 1994. أما المفرج عنه الرابع فهو محمد خليل الكارتة، وهو من مواليد الجمالية بالدقهلية ومن أوائل دعاة الجماعة الإسلامية في منطقة الجمالية، وقد رافق الشيخ عمر عبد الرحمن فترة في السجن. وكان المدعى العسكري قد رفض في وقت سابق ضم مدة الحبس الاحتياطي إلى المدة التي قضاها القادة الأربعة بتنظيم "الجماعة الإسلامية" في السجن بموجب حكم القضاء العسكري ضدهم، حيث كان يستند في رفضه القبول بحكم القضاء الإداري بهذا الشأن إلى أن المحاكم الإدارية ليس لها سلطة على قضاء المحاكم العسكرية. وبحسب الدكتور ناجح إبراهيم، فإن محاكمة الأربعة كانت من أسرع المحاكمات التي شهدتها المحكمة العسكرية في فترة التسعينات، حيث لم استمرت جلساتها 39 يوما فقط، وكانت الأحكام في هذه القضية مشددة للغاية، حيث لم يحصل أي متهم في هذه القضية على البراءة إلا تجار في السلاح فقط. كما قضت حكمت المحكمة ذاتها بمعاقبة أربعة من أعضاء الجناح العسكري بالجماعة الإسلامية بالإعدام، وتم تنفيذ الحكم فعلا على الدكتور ياسر فتحي طبيب العظام والداعية المشهور في الجماعة المسئول عن الجناح العسكري فيها. ومنذ إطلاق مبادرة وقف العنف في أعقاب حادث الأقصر الشهير عام 1997م، تراجعت المواجهة بين "الجماعة الإسلامية" والدولة، ونتيجة ذلك، حصلت الجماعة على العديد من المكاسب عقب المراجعات الفقهية ونبذ العنف، حيث تم الإفراج عن العشرات من أعضائها في السجون، وتم وقف تنفيذ أحكام الإعدام ضد الصادر ضدهم أحكام بالإعدام، كما تحسنت الأوضاع المعيشية للموجودين في السجون والذين يقدر عددهم بحوالي 100 معتقل.