أعتبر المقرر الخاص بالاعتقال التعسفي في الأممالمتحدة، في أول تقرير دولي رسمي أن اعتقال الرئيس محمد مرسي، وأعضاء فريقه الرئاسي، يعد خرقا للقواعد الأساسية لحقوق الإنسان. وفي تقرير أصدره طالب المقرر الأممي بالإفراج الفوري عن "مرسي" وفريقه الرئاسي. يأتي ذلك بعدما تقدمت الناشطة الحقوقية (سلمى أشرف) بشكوى عاجلة للمقرر الأممي الخاص بشأن واقعة اعتقال أول رئيس منتخب للبلاد وأعضاء فريقه الرئاسي، وأوضحت الشكوى أن الاعتقال تم خارج إطار القانون. كما تقدمت سلمى من خلال مؤسسة "إنسانية" بتقرير آخر بتاريخ 11 نوفمبر 2013 حول المجازر التي ارتكبتها سلطة الانقلاب العسكري في مصر قبل وأثناء وبعد مجزرة فض اعتصامي "رابعة" و"النهضة"، وتضمن التقرير عدد من الأدلة، وشهادات الشهود، وأسماء الشهداء الذين تم حصرهم حتى تاريخه. ومن جهتها، دعت المفوضية العليا لحقوق الإنسان بالأممالمتحدة الحكومة الحالية بالبلاد إلى وضع حد للتهديدات التي يتعرض لها المعارضون والناشطون السياسيون والمدافعون عن حقوق الإنسان في مصر؛ "جراء محاولاتهم التعبير عن رأيهم، وإنشاء جمعيات بالوسائل السلمية" وقالت رافينا شامدا ساني، المتحدثة باسم المفوضية في مؤتمر صحفي عقد فى مقر الأممالمتحدة فى جنيف، أمس الجمعة، تعقيبا على مداهمة "المركز المصري للحقوق الاجتماعية والاقتصادية"، الذى يرأسه الناشط الحقوقى والمرشح الرئاسى السابق خالد علي، أول أمس: إن "التهديدات والاعتداءات التى تتعرض لها منظمات المجتمع المدنى فى مصر شهدت ازديادا ملحوظا". وفي سياق غير بعيد، أعتبرت منظمة "هيومان رايتس ووتش" المعنية بحقوق الإنسان في العالم أن الاتهامات الموجهة للرئيس محمد مرسي بالتخابر مع حركة حماس وحزب الله اللبناني "خيالية جدًا على أقل تقدير". وقالت سارة ليا ويتسن، المديرة الإقليمية للمنظمة، في تصريحات لصحيفة "نيويورك تايمز" الأمريكية أن الاتهامات الموجهة إلى الرئيس مرسي سواء بتسريب أسرار الدولة إلى الحرس الثوري الإيراني أو المشاركة في مؤامرة إرهابية لقتل المتظاهرين "خيالية جدا من خلال الإجراءات القانونية". وأضافت أن الحكومة المصرية الحالية تحاول خلق فكرة أن جماعة الإخوان المسلمين هي منظمة إرهابية من خلال سيطرتها علي وسائل الإعلام، في ظل عدم وجود أدلة على ذلك.