تسببت التطورات الإقليمية المحيطة بقمة الخليح في خلافات عديدة بين دول مجلس التعاون الخليجي وهو ما جعل القمة تخرج بالحد الأدنى من التوافق، فهناك ثلاثة ملفات شكلت حجر عثرة أمام القمة الخليجية وهى: الموقف من الأزمة المصرية فى ظل تباين الموقف القطرى عن موقف الدول الست، وملف الاتحاد الخليجى فى ضوء تهديد سلطنة عمان بالانسحاب من مجلس التعاون الخليجي فى حال تبنيه دعوة المملكة السعودية بشأن الاتحاد، حيث أجبرت خطوة عمان مجلس التعاون على إعلان تأجيل بحث القضية، وأخيرا تباينات مواقف دول مجلس التعاون بشأن العلاقة مع طهران والملف السورى ما صعب من تحقيق المجلس تقدما ملموسا في ترتيب البيت الخليجى. مصادر دبلوماسية أكدت وجود خلافات داخل القمة الخليجية بشأن الملفات الثلاثة فى ظل إعلان الكويت عن أن مشروع البيان للقمة الخليجية يتضمن بنودا حول إيران وسوريا ومصر ومسيرة السلام. الخلاف الخليجى لم ينحصر فى المواقف المتباينة التى سبقت القمة، وإنما انعكس كذلك على حجم تمثيل بعض الدول فيها، حيث غاب سلطان عمان قابوس بن سعيد مكلفا فهد بن محمود آل سعيد نائب رئيس الوزراء لشئون مجلس الوزراء برئاسة وفد بلاده، كما غاب رئيس الإمارات خليفة بن زايد، وملك السعودية عبد الله بن عبد العزيز.